mRNA
主要研究策略:
1、 收集癌组织以及癌旁组织,并提取其mRNA;
2、 将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比,筛选两组之间的差异表达基因mRNA;
3、 通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位; KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路;
4、 找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因;
5、 优点:与临床相结合,科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用,易发文章。
主要分析内容:
1、测序数据过滤以及参考基因组比对;
2、新转录本预测以及差异表达基因检测;
3、差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析;
4、差异表达基因GO功能分析、Pathway功能分析等。
技术参数:
1、样本类型:组织、细胞、血液等。
2、测序策略:HiSeq PE 150
miRNA
主要研究策略:
1、探究某miRNA与肿瘤的增殖相关的具体调控机制;
2、寻找在抑制或促进肿瘤细胞凋亡方面发挥作用的miRNA;
3、探究肿瘤的血管形成、肿瘤的转移等肿瘤微环境相关的发生机制;
4、探究某种疾病的能量代谢、免疫等相关机制;
5、寻找与肿瘤基因组不稳定性的相关性等;
主要分析内容:
1、数据产出统计和质量评估;
2、reads与参考序列比对;
3、表达丰度统计;
4、表达水平分析;
5、差异表达基因筛选;
6、miRNA靶基因预测;
7、miRNA靶基因GO富集分析;
技术参数:
1、 样本类型:血清、血浆、细胞培养上清、组织等。
3、 测序策略:HiSeq SE50
lncRNA
主要研究策略:
1、编码蛋白的基因上游启动子区转录,干扰下游基因的表达;
2、抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;
3、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;
4、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
5、与特定蛋白质结合,lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性;
6、作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
7、结合到特定蛋白质上,改变该蛋白质的细胞定位;
8、作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。
测序分析内容:
1、数据产出统计和质量评估;
2、序列比对与拼接;
3、lncRNA表达丰度统计与表达水平分析;
4、差异性lncRNA的筛选及验证;
5、预测结合的mRNA;
6、GO富集及KEGG分析。
技术参数:
1、样本类型:细胞、全血、组织等
2、测序策略:HiSeq PE150
全转录组测序(mRNA+miRNA+lncRNA),全转录组测序(mRNA+miRNA+lncRNA)
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