mRNA

主要研究策略：

1、 收集癌组织以及癌旁组织，并提取其mRNA；

2、 将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比，筛选两组之间的差异表达基因mRNA；

3、 通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位； KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路；

4、 找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因；

5、 优点：与临床相结合，科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用，易发文章。

主要分析内容：

1、测序数据过滤以及参考基因组比对； 

2、新转录本预测以及差异表达基因检测；

3、差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析；

4、差异表达基因GO功能分析、Pathway功能分析等。

技术参数:

1、样本类型：组织、细胞、血液等。

2、测序策略：HiSeq PE 150

miRNA

主要研究策略：

1、探究某miRNA与肿瘤的增殖相关的具体调控机制；

2、寻找在抑制或促进肿瘤细胞凋亡方面发挥作用的miRNA；

3、探究肿瘤的血管形成、肿瘤的转移等肿瘤微环境相关的发生机制;

4、探究某种疾病的能量代谢、免疫等相关机制；

5、寻找与肿瘤基因组不稳定性的相关性等；

主要分析内容：

1、数据产出统计和质量评估；

2、reads与参考序列比对；

3、表达丰度统计；

4、表达水平分析；

5、差异表达基因筛选；

6、miRNA靶基因预测；

7、miRNA靶基因GO富集分析；

技术参数:

1、 样本类型：血清、血浆、细胞培养上清、组织等。

3、 测序策略：HiSeq SE50

lncRNA

主要研究策略：

1、编码蛋白的基因上游启动子区转录，干扰下游基因的表达；

2、抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；

3、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；

4、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;

5、与特定蛋白质结合，lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性；

6、作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；

7、结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位；

8、作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。

测序分析内容：

1、数据产出统计和质量评估；

2、序列比对与拼接；

3、lncRNA表达丰度统计与表达水平分析；

4、差异性lncRNA的筛选及验证；

5、预测结合的mRNA；

6、GO富集及KEGG分析。

技术参数：

1、样本类型：细胞、全血、组织等

2、测序策略：HiSeq PE150

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