- 《转》明码头条 NEWS丨重磅!国产Qsep生物片段分析仪进驻广州实验室,助力测序质检环节
继明码生物科技广州实验室揭牌之后,实验室引进杭州厚泽生物科技有限公司“以下简称厚泽生物”自主研发的国产高通量测序质控设备Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统,双方将在未来合作的推动下共同为客户提供更加便捷、高效的质检服务。明码生物科技首席技术官李源“近年来,随着国产设备在高通量测序领域的崛起,高质量、高性价比的测序服务让精准医疗惠及大众的愿景成为现实。明码生物科技将发挥自身在测序服务领域的优势及资源,运用Qsep全自动核酸蛋白分析系统打造灵活高效的测序服务体
- 毛细管电泳引物探针质控第二弹
引物是分子生物学实验中必不可少的部分,它通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3’端开始合成新的核酸链。常用的人工合成寡核苷酸探针与引物类似,是一段带有检测标记,且顺序是已知的,与目的基因互补的核酸。 分子生物学实验中经常会因为引物或者探针的问题导致产物扩增不出或者引物二聚体含量很高无法确定产物质量,即使换
- mRNA 疫苗研发质控新选择
新冠肺炎疫情下 mRNA 疫苗的研究现状 自 2019 年底武汉新冠病毒肺炎疫情发生至今,全球各国都在紧锣密鼓地展开新药和新冠疫苗的研发工作。创新疫苗的研发,成为承载人们厚望的快速利器。国内外有多家单位致力于 mRNA 疫苗的研发,目前,全球已有 2 款 mRNA 新冠疫苗投入大规模接种,分别是德国 BioNTech 与辉瑞研发的 BNT162b2 和美国 Moderna 公司研发的 mRNA-1273。在临床Ⅲ期实验中,这两种疫苗注射后的保护率
- DNA 纳米材料搭建成功与否的检测新选择
1960 年,诺贝尔获得者 Richard P.Feynman 在著作《There’s Plenty of Room at the Bottom》中提出纳米技术一词。从那时起,物理学、化学、生物学领域中,纳米水平上的大量研究被突破和发展。纳米技术通常被定义为,可创造纳米级具有全新属性和功能材料的一项技术。 其中,以脱氧核糖核酸(DNA)为基础材料,利用碱基互补配对原则,经过自组装构建具有特定空间构型的纳米级材料—DNA 纳米结构(DNA
- 99% 的科研人都易忽视的核酸质控关键点
上图的对话经常出现在分子生物学实验室中,提取是分子实验的第一步,也是影响最终结果的最重要的因素之一,当然可能会有人不赞同,只是做简单的 PCR 实验,提取随便做做就可以扩增出很亮的条带。文献支持好吧,那我们先从一篇文献来看,文章作者研究了提取和文库制备方法对粪便样本中的生物多样性的影响。最终发现对结果有显著性影响是提取方法,最后提供了一种可复制的稳定的提取方法。作者使用了 21 种提取方法,并且通过提取总量(ng)和质量(片段大小)两个方面对样本质量进行排
- 肿瘤基因检测前做好这一步,让你离实验成功近一大步
肿瘤基因检测(即分子靶标检测)是以研究疾病发生、发展过程中细胞分子生物学上的差异为基础,筛选和鉴定与疾病密切相关的蛋白质、核酸等生物大分子作为药物作用的靶点,通过靶向给药实现有效的靶向治疗及个体化治疗。肿瘤分子靶标的出现使得靶标药物能够针对癌细胞本身进行治疗,不会对正常细胞产生重大伤害,缓解患者病痛的同时更带给他们生的希望。自肿瘤基因检测技术应用以来,治疗效果十分显著,得到了越来越多的癌症患者的认可,是极为有前途的个体化治疗方法。 高通量测序是目
- 千万不要错过,这个技术在引物探针质控应用
引物是分子生物学实验中必不可少的部分,它通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条 DNA 模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条 DNA 模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3’端开始合成新的核酸链。常用的人工合成寡核苷酸探针与引物类似,是一段带有检测标记,且顺序是已知的,与目的基因互补的核酸。分子生物学实验中经常会因为引物或者探针的问题导致产物扩增不出或者引物二聚体含量很高无法确定产物质量,即使换不同
- 一文教你如何准确评估分离的核酸样品的质量?
测序作为一种重要的实验技术,在生物学研究中有着广泛的应用。随着科学的发展,传统的 Sanger 测序已经不能完全满足研究的需要,对模式生物进行基因组重测序以及对一些非模式生物的基因组测序,都需要费用更低、通量更高、速度更快的测序技术,而高通量测序技术(High-throughput sequencing)的产生则是对传统测序一次革命性的改变。二代、三代测序(NGS)的文库制备,对测序结果的影响很关键,而文库质量的好坏除建库方法和过程细节外,最重要的就是初始
- 做测序的你,不知道这个技术就可惜了
随着第二代测序(Next Generation Sequencing,NGS) 技术和第三代测序( Third Generation Sequencing,TGS)技术的快速发展,生物研究领域发生了巨大变革。然而,传统的二代测序是从大量细胞中获取足够多的 DNA 或 RNA,因此测序结果是这些细胞整体的表征,而不是单个细胞的具体情况。以我们熟悉的转录组测序为例,转录组测序是提取组织、器官或一群细胞的混合 RNA 进行测序,得到的是一群细胞的转录组的平均数据
- 快速掌握三代测序有哪些我们不能忽视的质控点
测序技术经过第一代、第二代的发展,读长从一代测序的近 1000bp,降到了二代测序的几百 bp,通量和速度大幅提升,而第三代测序的发展思路在于保持二代测序的速度和通量优势的同时,弥补其读长较短的劣势。三代测序与前两代相比,最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行 PCR 扩增。那么三代测序当中会有哪些质控点呢? 下面我们以 PacBio 为例为大家作以简单叙述:与二代测序一样,PacBio 三代测序的第一步也是核酸提取,其次是建库,其最主要的区别是建库过
- 毛细管电泳技术助力宏基因组测序
在人类的历史中,人们经常会受到各种传染病的困扰,可以说人类发展史同时也是人类与传染病斗争的历史。诊断、治疗和预防是人类与传染病斗争的三个关键环节。其中,最为关键的是及时正确诊断,在正确诊断的基础上才能够进行有效的治疗,制定有效的预防策略。及时发现、有效鉴别、快速诊断和提出预警,这是现代最前沿的传染病防治体系。在临床感染性病原体探寻的过程中,临床医生时常会面对新发病原体想不到、疑难感染病原体没想到、或者由于检测技术受限想到没检测到的困境,现有的临床辅助诊断方
- 毛细管电泳技术在引物质控方向的应用
毛细管电泳技术可应用于离子、化合物、蛋白、核酸、糖类以及细胞和病毒等物质的分离和分析,具有高效、快速、成本低、应用模式开放等显著优势。先多用于环境、食品和工业中的离子分析;药物成分分析和核酸蛋白分子产物检测等等。基于毛细管电泳技术研发的仪器很多,在核酸和蛋白检测方面,毛细管电泳技术正在逐渐替代传统平板凝胶电泳技术。毛细管电泳与传统的平板凝胶电泳相比具有高分辨率、高速度、高自动化的优势。Qsep 系列毛细管电泳仪独特,就是基于毛细管电泳技术,巧妙的将电泳胶和
- 论质控在 ngs 平台中的必要性
近年来,二代测序(NGS)技术迅猛发展,除 DNA 靶向捕获测序,RNA 测序,外显子测序,全基因组测序外,NGS 的临床应用也拓展至产前诊断,肿瘤早筛及用药指导等方面。鉴于这些应用与人类的健康疾病息息相关,NGS 流程中的任意步骤都不容忽视,因此,样本的质控必不可少。无论是哪种测序,在 NGS 的工作流程中,都离不开样品提取(核酸)→打断/反转录→扩增→构建文库→定量上机这一过程。这些过程环环相扣,每一个步骤的样本质量均会影响下一个步骤并最终影响到测序结
- NGS-ctDNA 给肿瘤精准医疗带来新希望
1948 年,Mandel 和 Metais 首次发现人体血液中存在着游离形式的 DNA。所有游离在血液中的 DNA 统称为 cfDNA(cell-free DNA),而来自肿瘤细胞的 cfDNA 就是 ctDNA。ctDNA(circulatingtumorDNA),又名循环肿瘤 DNA,主要有三种来源:坏死的肿瘤细胞、凋亡的肿瘤细胞以及肿瘤细胞的外泌体。ctDNA 以核小体为载体,以单个、双联或者三联的形式进入血液。同时有研究显示 ctDNA 的半衰期
- 毛细管电泳在 DNA 指纹图谱分析中的应用
1984 年英国莱斯特大学的遗传学家 Jefferys 及其合作者首次将分离的人源小卫星 DNA 用作基因探针,与人基因组酶切片段进行 Southern 杂交,获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹,这种图纹极少有两个人完全相同,故称为"DNA 指纹"。意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。众多「DNA 指纹」组成「DNA 指纹图谱」。DNA 指纹的图像在 X 光胶片中呈一系列条纹,很像商品上的条形码。DNA 指纹图谱
- cfDNA、ctDNA 和 CTC:液体活检家庭的三兄弟
随着精准医学概念的提出,精准医学已经逐渐被人们接受,肿瘤便是精准医学首要解决任务之一。说起肿瘤、癌症,已经不再像多年前一样谈癌色变,但目前我们还没有成功治疗癌症的方案,癌症仍然为人们所恐惧并以早发现早治疗为主。那么尽早检测和发现肿瘤便是首当其冲的核心任务。液体活检 (Liquid biopsy) 作为体外诊断的一个分支,是以一种非侵入式的血液测试来监测肿瘤或转移病灶释放到血液中的循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)和循环
- 热烈祝贺2017年第七届中国病理年会圆满闭幕!
由中华医学会、中华医学会病理学分会主办,江苏省医学会、江苏省医学会病理学分会承办,国际病理学会(IAP)中国分会、中国医师协会病理科医师分会、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会、中国病理主任联会、中国病理学工作者委员会、中国医疗保健国际交流促进会病理学专业委员会协办的中华医学会病理学分会第二十三次学术会议暨第七届中国病理年会已于 2017年10月26~29日在江苏省苏州市苏州国际博览中心举行,昨日圆满闭幕!作为病理届一年一度的年度盛会,今年会场依然爆
- 毛细管电泳技术在 NGS 平台样本质控中的应用
一、抽提核酸质控(cf/ct DNA,Total RNA,mRNA,外泌体 RNA)核酸抽提是测序的第一步,抽提质量直接影响后期建库的质量及下机数据的质量。目前提取的核酸种类,已由常规的 Total RNA、DNA 和蛋白质,扩增到各类新兴的小片段核酸的提取,例如 cf/ct DNA、mRNA,外泌体 RNA 等等。此类样本的核酸提取试剂盒非常多,但由于本身含量低,加上抽提过程中的损失,如何完美地完成低浓度核酸样本的质控显得尤为重要。Cf-DNA(cell
- 毛细管电泳在微卫星标记中的应用
STR/SSR(Microsatellite,微卫星标记)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列,因此被认为是继限制性片段长度多态性(RFLP)之后的第二代遗传标记,广泛应用于遗传制图、基因定位、法医学鉴定、人类学以及遗传病的诊断等许多领域的研究。SSR 标记的检测可采用琼脂糖凝胶电泳、非变性 PAGE、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(变性 PAGE)或毛细管电泳荧光检测法, 所揭示的多态性因采用方法的不
- 毛细管电泳在二代测序(NGS)文库质控中的应用
近年来,二代测序(NGS)以其快速、高准确率和低成本的优势逐渐替代了一代测序,不断蓬勃发展。市场中上主流的 NGS 平台包括 IlluminaSolexa、Roche 454、ABI SOLID 和 Life Ion Torrent。NGS 使基因检测产业化成为了可能,现已广泛应用于产前诊断、肿瘤及多种遗传病的预防与治疗。为了得到良好准确的测序结果,减少测序过程中不必要的尝试,降低测序成本,上机测序前要求必须了解测序文库样品的大小分布和浓度。因此,文库质控