App Pro-05 蛋白组与转录组关联研究
蛋白质是生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。且从DNA、mRNA到蛋白质的过程中涉及到一整套精细的表达调控机制,如转录调控、转录后调控、翻译调控、翻译后调控等。因此,要全面探究生物体疾病机理、环境应激、生长发育机制等,精细描绘关键基因的表达模式,同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已成为当前研究的必然趋势
技术特点
实现mRNA和蛋白质的互补和整合,对生物体特定状态下的应激机理进行全方位分析。
通过分析同一基因转录水平和翻译水平的变化,挖掘关键基因表达调控机制,全面阐释生物基因表达 调控机制。
针对蛋白数据库不全的物种,利用转录组数据看构建的蛋白质库,可提高蛋白鉴定数目与质量。
适用于关联分析的数据类型
蛋白层面:iTRAQ、label-free、2D gel等
转录层面:RNA-Seq(denovo)、RNA-Seq(Reference)、DGE、Microarray等
信息分析内容
蛋白组与转录组定性关联分析
蛋白组与转录组定量关联分析
蛋白和mRNA表达趋势相同基因Pathway分析;
蛋白和mRNA表达趋势相反基因Pathway分析;
蛋白无变化,mRNA差异表达基因Pathway分析;
mRNA无变化,蛋白差异表达基因Pathway分析。
蛋白组与转录组表达模式聚类分析
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BioGenius具有蛋白质组数据丰富的分析处理经验。分析内容涉及:原始数据蛋白鉴定分析,蛋白修饰分析,蛋白质结构域分析,蛋白质相互作用分析,蛋白质结构建模分析,采用分子动力学模型预测蛋白-蛋白对接与蛋白-配体对接及其结合位点等。
蛋白质组是对蛋白质特别是其结构和功能的大规模研究。蛋白质组学比基因组学要复杂得多。基因组是相当稳定的实体,而蛋白质组通过与基因组的相互作用而不断发生着改变。一个生命体在其机体的不同部分以及生命周期的不同阶段,其蛋白表达可能存在巨大的差异。
常用的定量蛋白组学技术有:iTRAQ技术,LC-MS/MS技术等。
质谱平台
更多详情:http://www.biogenius.cn/htm/solution/proteomics/174.html
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