本分析模块是对受测样本转录组表达量进行计算。基因表达量的计算将考虑基因表达量标准化(normalization)这一因素,采用RPKM计算方法。RPKM具体定义为:reads per kilobase per million mapped read。我们采用的RPKM考虑到可变剪接(AS)形式的多样性,并根据该AS的注释综合计算基因的表达量。根据考虑SJ的RPKM方法,我们保证具有较多内含子(intron)的基因的RPKM不会被低估。zei后,我们将对基因model上的所有read数目求和,并将对其进行标准化处理(通过millionreads数目)。标准化的目的是为了矫正来自转录本3'端的较强偏差。