Primer Extension可以用来精确鉴定转录的起始位点;类似的方法还包括S1 mapping,5'-RACE等。相比而言,Primer Extension更直接、也更精确;但是对实验技术的要求也更高。简单来说,就是在靠近转录产物5'端的位置设计一条反向的引物(引物末端标记),然后与总RNA做杂交,并进行逆转录;zei后通过测序胶电泳检测逆转录产物。为了精确定位转录起始位点(即逆转录产物的长度),还需要利用这条标记的反向引物进行Sanger法测序,并同样进行测序胶电泳来作为ladder。由于整个过程(包括样本收集、RNA抽提、引物退火杂交、逆转录等)都不能有丝毫的RNA降解,所以对其中每一步的操作要求都非常高,否则得到的结果就有可能不是一个位点(多个位点或者一片)或者是假的位点。此外,不是每个转录产物都能够鉴定出转录起始位点,比如有些转录本的丰度特别低就很可能做不出的。