转录组学技术服务
一、简介
转录组（transcriptom）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的zei直接描述，而由于目前蛋白质实验技术的限制，转录组成为研究基因表达的主要手段。通过特定生理条件下细胞内mRNA的丰度来刻画基因表达水平并外推到zei终蛋白产物的丰度是目前基因表达研究的基本思想。
研究转录组的基本方法包括基于杂交的芯片技术和转录组测序方法。
芯片杂交主要是研究芯片上既定的基因和转录本。通过转录组测序研究基因表达的理论基础是：通过随机抽样测序，某一转录本的抽样频率在大样本下逼近该转录本在转录组中的相对丰度。转录组抽样测序不限于预先确定的基因集，可以检测未发现的转录本和可变剪接体，另外，除去cDNA转化过程中的实验误差两种方法同时存在外，转录组测序方法只涉及到抽样的随机误差，这类噪音可以通过统计分析滤除。随着并行测序技术的发展，测序成本降低，大规模转录组测序将成为转录组研究的重要方法。
二、技术服务内容
1、芯片技术
我公司利用已建立的Affymetrix平台，提供基于杂交的芯片技术来进行转录组的研究；
2、测序技术
（1）我公司拥有先进的仪器：Roche454、illumina solexa、ABI3730，可以根据客户的不同要求，为客户设计实验方案，并通过专业的信息学团队得到分析结果；
（2）对客户提供的mRNA/总RNA进行样品检测，达到检测要求的样品将进行测序，测序技术路线：转录组样品制备 上机测序；
（3）基本信息分析：主要包括图像识别、base calling、过滤接头序列、检测可能的样品污染；
（4）生物信息分析：
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基本信息分析项目 |
高级信息分析项目 |
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Reads数目统计及频率分布图 将reads比对到参考基因、基因组 Reads在参考基因中的位置分布情况 参考基因的GC含量与覆盖深度货覆盖程度间的关系 参考基因的长度与覆盖深度或覆盖程度间的关系 不同长度的参考基因被reads覆盖的情况 |
参考基因覆盖深度分布、覆盖程度分布及两者的关系 将reads组装成Contig Contig长度分布统计 |
三、技术路线
四、应用
1、转录本结构研究：UTR鉴定、Intron边界鉴定、可变剪切研究、Start codon鉴定等。
2、非编码区域功能研究：Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等。
3、基因转录水平研究
4、全新转录区域研究
五、样品要求
1、总RNA浓度越高越好，一般≥400ng/ul，总量≥20ug，要求RAN去蛋白并进行DNase I处理；
2、RNA样品OD260/280在1.8-2.2之间，RNA样品制备过程中，不要用LiCl沉淀。
3、对于RNA样品请提供具体的浓度、体积、物种来源、制备时间等，同时附上QC数据，可包括电泳胶图、分光光度或者Nanodrop仪器检测数据、Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等，确保总RNA 28S：18S至少大于1.5；Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的RIN≥8，基线平滑，没有上抬。
六、试验费用
面议。
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