【“硬核”库】6000+代谢物、500+物种 、代谢物算法升级——分类物种代谢物库

上期，继鹿明生物【新品发布】官宣！Nature methods关注技术—蛋白组DIA技术，水稻深度研究数据库重磅发布后引来了很多科研老师的关注和青睐。  

本期，重磅喜讯接踵而来，上海鹿明生物科技有限公司经过长期的技术积累、仪器设备升级。又一新品上线，【“硬核”库】-分类物种代谢物库！ 

A:知道最近有什么大事件将要发生吗？

小鹿：11月5号上海国家会展中心要开进博会啦~~还有还有上海鹿明生物科技有限公司新品上线“硬核”库-分类物种代谢物库!

A：“硬核”库是什么库？

小鹿：这个就一定要问我啦~这是一种分类物种库，包括动物、植物、真菌、原生、细菌、古生菌这几种大类进行分类，主要针对非靶向代谢组学的下机数据做定性分析的。

A：等一下，非靶向代谢组学定性分析不是有很多公共代谢数据库嘛~分类物种库起到什么作用呢？

小鹿：我们知道一般定性分析使用QI、CD、lipidsearch、XCMS或其他的定性软件进行定性，使用的数据库用HMDB、Metlin、ChemSpider、自建本地数据库…等数据库就可以做到定性分析。

A：对呀，那为什么还要分类物种库呢？

小鹿：因为在实际分析中，一个物质峰会定性到多个代谢物，如何筛选出准确的代谢物就是一个比较有难度的问题。因此，小鹿根据物种类别建立了分类数据库，使定性代谢物更加准确。

A：那这个分类物种库是如何筛选的呢？

小鹿：一般软件会根据精确质量数、二级碎片、同位素分布及保留时间给个Score评分，选择高Score的代谢物。但有没有碰到这样的问题，Score值差别不大或者甚至相同的情况？尤其不同的数据库定性代谢物Score也有区别，即使定性到相同的代谢物Score也有不同的？出现这种情况，如果根据分类物种建立的标准库，加上定性代谢物筛选算法，就能让代谢物定性更精准。

分类物种库的应用场景：就好比蛋白根据物种与种系建立的序列数据库，我们也将根据物种进行分类建立了分类物种代谢物数据库，使定性代谢物更加符合选择的物种。尤其针对不能有效区分但物种信息明确的代谢物，目的是使定性到的代谢物能更好的匹配物种，利于后续的功能分析及靶向验证。

优势1

6000+代谢物

经过鹿明生物长期的技术积累、研发实力及仪器设备的不断提升，已经对6000+代谢物建立数据库。并根据物种及物种大分类对6000+代谢物进行分类，同时可实现物种与物种的匹配代谢物定性。6000+代谢物在后续功能分析中均能匹配上kegg ID，更好的了解代谢物在生物途径中的作用。

优势2

500+物种

针对物种种类，已建立500+的物种库，包括常见的人、小鼠、大鼠、拟南芥等模式物种库。并且建立了分类物种库，包括动物、植物、真菌、原生、细菌、古生菌这几种大类进行选择。

优势3

分类物种库+常规代谢物数据库多重定性

以The Human Metabolome Database（HMDB）、Lipidmaps以及METLIN三大库及鹿明生物自建本地数据库基础与代谢物物种库相互配合，在保证定性代谢物数量的基础上使定性代谢物更加符合实验物种的代谢物。确保后续定性过程中定性到的大部分代谢物是属于该物种的代谢物，在原有质核比、二级质谱、同位素的评判标准之外添加分类物种库对物种的评判，减少如动物样本匹配到植物特有代谢物的情况，有利于后续的功能分析及靶向验证。

优势4

定性代谢物算法优化

对于一个物质峰在多个代谢物数据库中定性到的相同代谢物并根据Score评分优化匹配多库检索到的相同代谢物。在不同的代谢物数据库中匹配到相同的代谢物，相应说明此代谢物比其他相同分值匹配到的代谢物准确性高。在原有仅通过Score评价代谢物准确性的基础上根据物种代谢物库及多数据库匹配的模式下，增加最后定性结果的准确性。

优势5

分析结果显著提升

与仅用常规数据库相比，定性代谢物数量增加20%，后续通路富集分析能用于匹配物种的kegg ID的数量提高30%。定性数量及准确性显著提高。

往期回顾

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本期R语言生信小班得到广大科研老师的支持和鼓励，鹿明生物·易明学院也将再接再励，请下期R语言进阶班再会~~

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