官宣！Nature methods关注技术—蛋白组DIA技术，水稻深度研究数据库重磅发布

发布时间： 2019-10-15 15:14 来源：上海鹿明生物科技有限公司

水稻生产及技术转型

水稻是我国播种面积和总产量最大的粮食作物。近年来，对于水稻的研究热点由过去的高产育种向产量与质量抗性育种的转变。同时，在现阶段种植业结构调整、粮食市场开放的局势下，水稻发展面临着越来越大的挑战。因此，农业增效、稻农增收，已成为各级政府、科研生产部门普遍关注的课题。

目前针对水稻的研究趋势主要集中在以下几个方面：

1.对于水稻生产科技创新的研究，水稻单产提高，依靠研发和推广新品种和新技术；

2.生产高效、营养健康、绿色环保和可持续发展的新时代水稻生产目标和新思路；

对此现状，不少的科研人员投身于水稻的研究中不断的突破和创新

（部分国内最新水稻方向研究）

水稻响应缺铁的韧皮部汁液蛋白质组学分析—南京农业大学农学院

高产杂交水稻两优培九衰老进程中剑叶差异蛋白质组学分析—南京师范大学生命科学学院

水稻矮化少蘖突变体dlt3的基因定位和蛋白质组学分析—西北农林科技大学生命科学学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室西北农林科技大学动物科技学院浙江大学农业与生物技术学院农学系

茉莉酸甲酯诱导水稻叶片的磷酸化蛋白质组学分析—华南农业大学植物病理生理学研究室广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室

稻瘟菌与水稻互作的质膜磷酸化蛋白质组学分析—华南农业大学植物病理生理学研究室广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室

针对水稻蛋白组学研究的热门度可谓是只增不减~~

为此，鹿明生物针对蛋白组学水稻DIA技术进行了深度研究，由此重磅推出-水稻DIA大数据库，最高检测蛋白近10000个~~

DIA技术

DIA（Data independent acquisition）是基于静电场轨道阱Orbitrap带来的一项全新的、全息式数据非依赖性采集定量技术。DIA将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。DIA无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，并可实现数据回溯。

DIA的优势：

▶ 全息扫描：提高数据覆盖度，数据随机缺失值减少数倍；

▶ 高重现性、稳定性：提高鉴定重复率，定量精密度；

▶ 高精确度：定量能力大大提升；

▶ 可回溯性：可实现回溯性分析以及多批数据整合分析。

升级DIA数据库

上海鹿明生物科技有限公司，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。

鹿明生物自2017年初建立了DIA、PRM等蛋白组学技术平台，是国内早期开展DIA/PRM技术服务的领跑者；近2余年来，鹿明生物积累了丰富的DIA、PRM蛋白组学等组学项目经验，公司采用高端精密的仪器设备Thermo QE-HF等，迄今为止，鹿明生物已处理DIA+PRM项目样品3000+例，拥有丰富完善的项目经验；目前鹿明生物也已经自主研发了大容量水稻DIA数据库及深度水稻磷酸化DIA数据库，希望能够为您的科研助力添彩。

优势：

高覆盖率

更高准确度

较好重复性

数据库全线升级

案例解析

基本信息

主要技术：DIA

材料：水稻叶片

期刊：Frontiers in Plant Science

文章摘要

大米是世界一半以上人口的主食。稻裂叶螨的侵染给水稻生产造成巨大损失。为了寻找能够更好地耐受稻瘟病的水稻基因型，我们对巴西境内的7个品种的形态和生产参数进行了评估，并通过对比反应鉴定了两个品种。所有品种在侵染过程中的叶片损伤相似。Puitá INTA-CL的侵染导致每株种子数、全种子百分比、1000粒种子重量和种子长度的减少，而IRGA 423的侵染增加了1000粒种子重量和种子长度。由侵染引起的单株种子重量的减少在Puitá INTA-CL（62%）中明显高于IRGA 423（未检测到减少），因此Puitá INTA-CL被确定为易感，IRGA 423被确定为耐稻瘟病。IRGA 423的光合参数受侵染的影响小于Puitá INTA-CL，说明IRGA 423的能量吸收和利用效率较高。稻裂叶螨侵染也导致Puitá INTA-CL叶片中的H₂O₂积累、细胞膜完整性下降和衰老加速，而IRGA 423叶片中总酚类化合物含量较高。对侵染7天后的Puitá INTA-CL和IRGA 423叶片进行蛋白质组学分析，鉴定出60种差异丰富的蛋白质（其中28种在Puitá INTA-CL叶片中更为丰富，32种在IRGA 423叶片中更为丰富）。IRGA 423中含有大量与植物防御有关的蛋白质，如茉莉酸盐的合成，以及与氧化应激、光合作用、DNA结构维持等其它耐受机制有关的蛋白质，同时还含有大量的能量产生和一般代谢过程。我们还检测到在受侵染的IRGA 423植物的叶片中，硅（一种与植物防御有关的元素）的含量高于Puitá INTA-CL，这表明它可能参与了耐受机制。综上所述，我们的数据显示IRGA 423对稻裂叶螨具有耐受性，并且该品种可能采用多种机制。这些发现可用于提高水稻抗螨性的生物技术研究。

方法流程

（点击查看大图）

推荐理由

本研究通过DIA技术，比较了耐受与易感两种水稻叶片的蛋白质组学。通过比较，筛选到耐受水稻品种中含有大量与植物防御有关的蛋白质，进一步验证了前期实验，并对于今后的育种计划或旨在提高水稻抗螨性的基因工程提供研究思路。

文献来源

BuffonG, Blasi ÉADR, Rativa AGS, et al. Unraveling Rice Tolerance Mechanisms AgainstSchizotetranychus oryzae Mite Infestation[J]. Frontiers in Plant Science, 2018,9: 1341.

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鹿明生物简介

上海鹿明生物科技有限公司，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。经过近数年的发展沉淀，公司建立起了iTRAQ/TMT、DIA、PRM、修饰蛋白组等蛋白组学技术平台和全谱代谢组、靶向代谢组、拟靶向代谢组、脂质组等代谢组学技术平台以及相应的数据整合分析平台，并建立了科学完整的服务流程和精细规范的操作标准。

公司拥有：

SCIEX-QTRAP-6500,

SCIEX-QTRAP-4000,

Waters Xevo G2-XS,

Thermo-TSQ-Altis,

Thermo-Obritrap-QE,

Thermo-Obritrap-QE-HF,

Aglient-GCMS-7890B/5977A,

AglientGCMS7890B/5977A（带顶空进样装置）

及云计算分析平台等大型检测设备以及完整的样品前处理系统和数据分析系统（拥有各类分析软件及数据库）。