2023-06-09 16:41:20, 飞飞 赛默飞色谱与质谱分析
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郭振昌 黄浩然
/ 软件更新 /
在正在举行的ASMS 2023的会议上,赛默飞世尔公司重磅推出了革命性的Orbitrap Astral质谱仪。而作为一家刚柔并济,均衡发展的公司,本次发布会中,除了在硬件领域有重大突破外,在软件方面,我们也强势推出了最新版的Proteome Discoverer (PD)3.1,CHIMERYS 2.0,以及Ardia驱动的Proteome Discoverer服务器平台。
PD软件作为一款针对蛋白质高通量定性、定量分析的软件,自2008年发布以来,受到了广大用户的认可。PD3.1主要对原有的INFERYS和CHIMERYS进行了升级,并增加了全新的DIA数据检索,Ardia则是一个崭新的集数据存储、处理、共享、管理的服务器平台。下面就让小编为大家一一揭开它们的神秘面纱吧。
图1. PD软件历代版本更新内容
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01
INFERYS 3.0 Rescoring 节点
INFERYS Rescoring是在PD2.5版本中新增的节点,它可以读取搜索引擎中的所有正库和反库的肽段信息,预测每个肽段序列的谱图,比较理论和实际谱图,并计算额外的feature特征再输入到percolator节点中。在给定的FDR阈值下,包含该节点的工作流程会产生更多的肽段鉴定,并且可显著提高置信度。而在PD 3.1版本中对INFERYS Rescoring节点进行了升级,新增对磷酸化肽段,中性离子丢失以及重标的SILAC以及PRM多肽的识别功能。
图2. INFERYS 3.0 Rescoring 节点新增功能
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02
CHIMERYS 2.0
CHIMERYS是在PD 3.0中新增的节点,它是一种智能搜索算法,利用人工智能,通过深度学习,结合强大的去卷积算法,提供准确的肽段谱图和保留时间预测,克服混合肽段MS2图谱匹配的难题,大大增加了数据中的PSM数量,显著提高了鉴定率。但在PD 3.0版本中,CHIMERYS会出现检索时间较长的问题,且这个节点仅支持DDA数据的检索,不能够对翻译后修饰进行鉴定。
而在PD 3.1版本中,CHIMERYS 2.0节点首先将FDR过滤的Percolator节点更换为Mokapot节点,这提升了5倍的数据处理速度。同时,CHIMERYS 2.0也提升了对DDA数据的检索率。如图3,在对100个或20个HELA细胞进行蛋白组鉴定时,CHIMERYS 2.0相较于之前的版本提升了12%的鉴定数。
图3. CHIMERYS 2.0 在DDA数据检索中的提升
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同时,CHIMERYS在更新后,能够对磷酸化修饰进行检索。如图4所示,使用CHIMERYS 2.0检索磷酸化数据,较使用Sequest检索引擎,鉴定位点数有28%的提升。
图4. CHIMERYS 2.0支持磷酸化修饰多肽的检索
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但CHIMERYS 2.0节点最重要的更新则是可以支持DIA数据的检索。并且检索流程比DDA数据检索更简单(图5)。得到的结果与PD 3.0中查看方式也是相同的,如图6。
图5. CHIMERYS 2.0支持DIA数据检索
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图6. DIA数据CHIMERYS 2.0检索结果
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03
Ardia驱动的Proteome Discoverer服务器平台
随着质谱的速度越来越快,通量越来越高,产生的数据体积也会越来越大,数量也随之越来越多,所以多个PC间传输质谱数据和处理结果,以及原始数据和处理结果的存储、备份、查找、检索周期与数据共享,一直是很多实验室的难题,尤其是对于一些数据和结果需要存储多年的科研、服务机构。另外,随着蛋白质组学研究的深入和扩大,数据量越来越大,对数据处理的时效性问题也变得尤为重要。为此,Ardia应运而生。作为建立在新技术的新平台;Ardia将会不断成长和进化;解锁数据并加速对它的深入了解,以提升客户的体验。赛默飞在本月底将正式发布Ardia,敬请关注!
问渠那得清如许,为有源头活水来。正是一次又一次的更新升级,使得Proteome Discoverer 软件功能越来越强大。赛默飞始终致力以更加优异的表现服务于广大用户,为科学服务的脚步从未停歇!Proteome Discoverer 3.1软件的推出,其新的特性尤其是CHIMERY 2.0 智能搜索算法的升级,不仅大大提升了鉴定效率,更使得PD软件不仅仅局限于DDA的蛋白质组学数据,这使得PD软件的功能更加完善。无论是DDA还是DIA均可以实现一站式数据检索,再配合全新的Ardia服务器,我们相信全新的 Proteome Discoverer 3.1软件会为大家带来一个惊喜的体验!
了解PD3.0软件,
可识别多个共隔离肽段的二级碎片
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