该公司的上述行为违反了《中华人民共和国大气污染防治法》第四十五条“产生含挥发性有机物废气的生产和服务活动，应当在密闭空间或者设备中进行，并按照规定安装、使用污染防治设施”的规定，应当根据《中华人民共和国大气污染防治法》给予处罚。

该公司属于小微企业，在执法人员告知其存在的环境违法行为后，克服经济困难，积极采取整改措施，迅速完成制袋工序的废气收集治理设施的安装；同时签订生态损害赔偿委托函，积极开展生态环境损害赔偿。综合考虑上述因素，连云港市生态环境局依据《中华人民共和国行政处罚法》第三十二条及《江苏省生态环境行政处罚裁量基准规定》第十一条的规定，决定对该公司在裁量罚款金额为7万元的基础上，再从轻处罚2万元，最终对该公司给予了罚款5万元的行政处罚。