J Pathol | 临床大队列蛋白组学揭示透明细胞卵巢癌的临床亚群

文章结论

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蛋白质组学将CCOC确定为与其他

卵巢癌亚型相比的一种独特疾病

蛋白质组学分析鉴定了7468种蛋白质，其中3069种在所有样品中进行了定量。在主成分分析（PCA）中，与其他EOC亚型相比，CCOC显示出明显的蛋白组学景观。PCA还表明，尽管HGSC、LGSC和ENOC内部存在异质性，导致蛋白质组特征重叠，但它们的蛋白组学景观与CCOC不同。有趣的是，当使用整个EOC队列时，在分层聚类分析中将CCOC队列分为两个主要分支。进一步研究了导致蛋白质组差异的混杂因素，包括批次效应、生物库位置和肿瘤含量，其中肿瘤含量与CCOC病例的某些分离相关。差异丰度分析确定了临床CCOC标志物（NAPSA），先前鉴定的IHC CCOC标志物（CTH、LEFTY1），以及先前蛋白质和转录组分析中CCOC高表达的基因（PSAT1、ANXA4、GPX3、LAMC1和SOD2）。

图3  将CCOC与ENOC和HGSC进行GSEA比较

       根据形态学和蛋白质组学特征，研究人员将CCOC分为4个亚群，分别定义为：代谢活性、凝血、纤维化和坏死。纤维化亚群富含基质纤维组织，而坏死亚群与其他亚群相比具有更多的肿瘤坏死。使用GSEA分析，纤维化亚群显示细胞外基质途径中蛋白质的富集，与纤维化区域的丰度一致。此外，坏死亚群显示凝血和血小板活化途径的富集，提示对坏死的急性炎症反应。相反，代谢活性亚群在蛋白质周转控制、细胞周期控制、三羧酸循环、电子传递链、氨基酸和脂肪酸代谢过程中富集。尽管形态上没有明显的坏死，但凝血亚群在脂蛋白转运和分解，以及补体激活和凝血途径中富集。

      由于代谢和凝血亚群的结果最明显，受纤维化和坏死组织的影响最小，研究人员对这两个亚群进行了差异蛋白表达分析。结果发现，与代谢亚群相比，凝血亚群中的炎症过程和纤维蛋白原亚基显著累积。此外，纤维蛋白原亚基的表达与凝血亚群中坏死组织的数量无关。虽然纤维化和坏死亚群具有相似的分期分布，但代谢亚群包含更多的1期和2期患者。相比之下，凝血亚群在3期和4期患者中的比例最高。生存分析显示，两个亚群之间的OS无显著差异，但凝血亚群的PFS明显较差。单变量分析表明，代谢亚群与更好的PFS相关，但与OS无关，而凝血亚群的PFS明显更差。在调整年龄、级别、分期、残留疾病、ARID1A IHC和辅助治疗的多变量生存分析中，代谢亚群与OS和PFS显著改善相关，而凝血亚群预测结果更差。