直播回放 | 南非医学研究理事会Craig Kinnear教授：ATOPlex靶向测序技术在南非新冠污水监测中的应用

SAMRC自2020年5月份开始着手在南非开展污水检测和早期预警，而建立监测体系的第一步是污水样本的收集，除了采样方法，仪器成本和能源供应等现实问题都需要结合南非当地的情况统筹考虑。

2020年7月，SAMRC团队在开普敦市的24个污水处理厂进行为期六周的概念验证研究。期间污水监测起到了良好的早期预警作用，在开普敦市第二波感染期间，研究团队在临床病例增加前两周时间，发现了污水中新冠病毒载量的升高。目前，这一监测体系已经扩展到南非4个省份的70多家污水处理厂，并有望推广至全国9个省份。

图1：南非污水监测体系70 个污水处理的采样点和合作大学

在SAMRC基因组学中心，Craig Kinnear教授团队使用华大智造的ATOPlex技术对从废水样本中提取的RNA进行测序，所有样本都在华大智造的DNBSEQ-G50（国内型号MGISEQ-200） 上进行测序，持续监测南非新冠病毒的变异株发展形势。2022年5月-7月期间Omicron BA.5 在南非处于统治地位，10-11月BQ1变体在全国范围内增加，同期还发现了BA.2的亚系新变体CM4。

图2：DNBSEQ-G50监测南非污水中新冠病毒变体发展

Craig Kinnear教授表示：“我们之所以选择ATOPlex这种方法，是因为它是一种简单的方法，样品准备时间短，数据分析流程相对容易。但是对废水样品进行测序依然非常具有挑战性，面对受污染程度的样本，我们最终在华大智造团队的协助下进行多项流程优化以获得较为理想的结果。”

图3：华大智造ATOPlex RNA多重PCR建库试剂盒套装

华大智造ATOPlex RNA多重PCR建库试剂盒套装V3.1采用328对混合引物（平均扩增178bp）来捕获新冠病毒全基因组序列信息，对于低浓度、易降解的样本友好、具有极高的灵敏度，Ct值<35的阳性样本均能检测到新冠基因组全长，同时此方法可相对定量病毒载量，从而实现病毒变异监测、定量和进化分析。