两天一夜教您用R语言挖掘TCGA、GEO等公共数据库发表文章（结合生信热点）12月24-25日

日期

主题

主要培训内容

 第一天上午

R语言实战入门

R安装

Rstudio安装

3小时掌握R语言

菜鸟如何学习R 语言

R语言数据构成和流程控制

如何用好for循环和apply家族函数

如何转换为可以直接套用代码的数据（数据调整）

文章中的数据清洗和整理

R语言统计和作图简介

R语言无障碍安装和调用

R语言导入和导出

第一天下午

R语言模块化技能

GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义（清除无意义的数据，发表级的热图，最漂亮的火山图，GO分析，KEGG分析，共表达网络）、GEO数据便捷实用的GSEA分析，GEO芯片的探针的注释

第一天晚

全代码实战芯片meta分析核心部分

11分的文章实例解析生信联合实验套路

Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)

芯片数据的检索、下载、预处理

多个GEO芯片联合分析（芯片meta）简介和制作

GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法

R语言数据框的调整（掌握tidyr和dplyr）

GE）芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等

学员练习 （线上指导、配给视频练习）

第二天上午

全代码复现生存相关signature文章核心部分

（A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based

chemotherapy，Oncotarget, 2017）

GEO数据下载 TCGA数据下载

生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)

批量生存分析

单因素生存分析

多因素生存分析

全代码制图

全代码制表

发表级图表的排版

第二天下午

TCGA ceRNA文章发表和制作

Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)

TCGA数据下载和数据库找课题

提取mRNA、IncRNA、MiRNA矩阵

ceRNA网络构建

批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图

批量GO、KEGG

实战讲解例文