如何利用生信热点结合R语言挖掘TCGA、GEO等公共数据库发表文章 12月3-4日

2022-11-29 21:36:57


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本班特色


现场完成一篇文章的流程以及所有图表,

至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章无限回放,

赠送同步视频 建群完善更好的售后服务


课程背景

没有经费做课题,没有实验造图形?其实,聪明人必须学着绕过去,我们不需要经费,完全不需要实验。

用R语言挖掘公共数据,发表SCI文章

R语言是科研工作者必备技能。本次会议以一篇SCI全文复现为目的,不瞎学R,用R解决科学问题,用R去发现新的临床问题。



授课老师

猴哥:武汉大学博士,副主任医师,讲师,发表SCI论文25篇,历任3家公司数据分析师,100篇meta分析数据分析经验,43场公益讲座授课基础,5年免费答疑的耐心和责任心。主持国家自然科学基金1项,主持省级课题3项、湖北陈孝平科技发展基金会肝胆胰恶性肿瘤研究基金1项、国家级大学生创新创业训练计划项目3项。 



根据自己的专业,找到课题、挖掘机制、锁定标记物

基金中呈现漂亮的图表和前期基础

掌握R语言处理GEO,TCGA数据的所有核心技能

科研绘图的所有技能


学习目标

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章,重点讲解关键步骤,

更多的售后服务,更好的掌握所有技能。

最大胆、最全面、最深入人心地直达灵魂地讲解。

至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路。

现场完成一篇文章的流程以及所有图表。




课程安排


日期

主题

主要培训内容

 

 

 第一天上午


R语言实战入门

R安装

Rstudio安装

3小时掌握R语言

菜鸟如何学习R 语言

R语言数据构成和流程控制

如何用好for循环和apply家族函数

如何转换为可以直接套用代码的数据(数据调整)

文章中的数据清洗整理

R语言统计和作图简介

R语言无障碍安装和调用

R语言导入和导出

 

第一天下午

R语言模块化技能

GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义(清除无意义的数据,发表级的热图,最漂亮的火山图,GO分析,KEGG分析,共表达网络)、GEO数据便捷实用的GSEA分析,GEO芯片的探针的注释

 

第一天晚

全代码实战芯片meta分析核心部分

11分的文章实例解析生信联合实验套路

Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)

芯片数据的检索、下载、预处理

多个GEO芯片联合分析(芯片meta)简介和制作

GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法

R语言数据框的调整(掌握tidyrdplyr

GE芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等

学员练习 (线上指导、配给视频练习)

 

 

 

第二天上午

全代码复现生存相关signature文章核心部分

A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based

chemotherapyOncotarget, 2017

GEO数据下载 TCGA数据下载

生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)

批量生存分析

单因素生存分析

多因素生存分析

代码制图

代码制表

发表级图表的排版

 

第二天下午

TCGA ceRNA文章发表和制作

Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)

TCGA数据下载和数据库找课题

提取mRNAIncRNAMiRNA矩阵

ceRNA网络构建

批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图

批量GOKEGG

实战讲解例文

最新热点的分析思路指导(如何结合生信热点发前沿文章)


会务时间


(1)12月3-4日

(2)授课方式腾讯线上

(3)上午:8:30-11:30;下午:14:00-17:00

联系方式


联系人:谢老师 13611825136     

名邮箱:wybiot@126.com

主办单位


玮瑜科研平台
承办单位


上海玮瑜生物科技有限公司

海玮瑜信息科技有限公司


会务费用


(1)单独参加费用:3200元/人 ;两班连报(和其他班一起报名)6000元/人

(2)发票名目:可开会务费、会议费、注册费、检测费、统计分析服务费等发票。


汇款账号


A:汇款账户
户     名:上海玮瑜信息科技有限公司 
账 户 号:97340078801000000164
开 户 行:上海浦东发展银行大华支行 
B:支付宝转账
收款人:wybiot@163.com   支付宝户名:上海玮瑜生物科技有限公司
C:信用卡或公务卡支付
微信或支付宝扫描二维码支付,通过信用卡/公务卡扣

报名方式


报名方法一:邮箱报名:编辑您的姓名、手机号码 参加班级发送到wybiot@126.com

报名方法二:在线报名:(长按识别或扫描下图二维码报名)

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