如何利用生信热点结合R语言挖掘TCGA、GEO等公共数据库发表文章 12月3-4日

2022-11-29 21:36:57

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本班特色

现场完成一篇文章的流程以及所有图表，

至少2个套路的全程实战，让你快速掌握数据挖掘套路

全程实战，全程讲解代码，全部是自己的文章无限回放，

赠送同步视频建群完善更好的售后服务

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课程背景

没有经费做课题，没有实验造图形？其实，聪明人必须学着绕过去，我们不需要经费，完全不需要实验。

用R语言挖掘公共数据，发表SCI文章

R语言是科研工作者必备技能。本次会议以一篇SCI全文复现为目的，不瞎学R，用R解决科学问题，用R去发现新的临床问题。

②

授课老师

猴哥：武汉大学博士，副主任医师，讲师，发表SCI论文25篇，历任3家公司数据分析师，100篇meta分析数据分析经验，43场公益讲座授课基础，5年免费答疑的耐心和责任心。主持国家自然科学基金1项，主持省级课题3项、湖北陈孝平科技发展基金会肝胆胰恶性肿瘤研究基金1项、国家级大学生创新创业训练计划项目3项。

根据自己的专业，找到课题、挖掘机制、锁定标记物

基金中呈现漂亮的图表和前期基础

掌握R语言处理GEO，TCGA数据的所有核心技能

科研绘图的所有技能

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学习目标

全程实战，全程讲解代码，全部是自己的文章，重点讲解关键步骤，

更多的售后服务，更好的掌握所有技能。

最大胆、最全面、最深入人心地直达灵魂地讲解。

至少2个套路的全程实战，让你快速掌握数据挖掘套路。

现场完成一篇文章的流程以及所有图表。

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课程安排

日期

主题

主要培训内容

第一天上午

R语言实战入门

R安装

Rstudio安装

3小时掌握R语言

菜鸟如何学习R 语言

R语言数据构成和流程控制

如何用好for循环和apply家族函数

如何转换为可以直接套用代码的数据（数据调整）

文章中的数据清洗和整理

R语言统计和作图简介

R语言无障碍安装和调用

R语言导入和导出

第一天下午

R语言模块化技能

GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义（清除无意义的数据，发表级的热图，最漂亮的火山图，GO分析，KEGG分析，共表达网络）、GEO数据便捷实用的GSEA分析，GEO芯片的探针的注释

第一天晚

全代码实战芯片meta分析核心部分

11分的文章实例解析生信联合实验套路

Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)

芯片数据的检索、下载、预处理

多个GEO芯片联合分析（芯片meta）简介和制作

GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法

R语言数据框的调整（掌握tidyr和dplyr）

GE）芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等

学员练习（线上指导、配给视频练习）

第二天上午

全代码复现生存相关signature文章核心部分

（A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based

chemotherapy，Oncotarget, 2017）

GEO数据下载 TCGA数据下载

生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)

批量生存分析

单因素生存分析

多因素生存分析

全代码制图

全代码制表

发表级图表的排版

第二天下午

TCGA ceRNA文章发表和制作

Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)

TCGA数据下载和数据库找课题

提取mRNA、IncRNA、MiRNA矩阵

ceRNA网络构建

批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图

批量GO、KEGG

实战讲解例文

最新热点的分析思路指导(如何结合生信热点发前沿文章)