2022-10-31 14:51:14 苏州镁伽科技有限公司
载体构建前期需要做序列分析和载体图谱分析,以确保获得正确的质粒结构。上期我们介绍了质粒构建的基本方法,今天为大家分享质粒构建过程中常用的软件及数据库。
获取序列信息
NCBI(National Center for Biotechnology Information (nih.gov)常用于获取目的基因的主要来源,是生物学者们离不开的数据库。该数据库功能强大且操作便捷,只需将目标基因名称或蛋白质名称输入检索框,便可获取它的相关信息。这里以eglA6基因为例,在搜索结果的界面中包含基因来源、宿主信息、基因长度、CDS以及相关的已发表文献,读者可根据自己的需求直接下载相关文件。
同时,我们还可以运用NCBI中的BLAST功能检索与目标基因相关的其他基因。
检索质粒图谱
获得目的基因后,下一步常需获取质粒的图谱,接下来为大家介绍两种常用的质粒库。
01 ADDGENE
ADDGENE(Addgene: Homepage):全球科学家质粒共享非盈利组织。Addgene是一个公益性组织,负责保存和提供质粒,涉及到质粒信息的已发表的文章也会备份到Addgene保存,网站会留存图谱信息。读者只需在首页选取载体数据库,搜索栏输入质粒名称,便可获得全部的图谱信息及fasta文件。
02 Vector DB
VectorDB - Molecular Biology Vector Sequence Database (nthu.edu.tw),也是很多生物学者常用的质粒库,虽然它的页面设计十分简单,但是内容分类直观,关于质粒信息的总结和分类比较完整,基本包括了所有表达系统的质粒信息,可以帮助我们快速查找所需内容。
序列保守性分析
一般来说,基因序列高度保守说明相对于其他基因这个基因对于本物种的生存具有特殊意义,它可能编码一些非常重要的蛋白质。对于需要进行基因改造的研究来说往往需要进行序列的保守性分析,为后续的基因改造提供依据,这里为大家推荐clustal omega(www.clustal.org)+ consurf server的组合。
1.进入BLAST结果
2.复制名称和序列
3.粘贴至
consurf server
4.输出结果
只需将BLAST获取到的相关基因输入到比对框即可获得序列中每个位点的保守性。然后将比对的结果通过consurf server进行可视化,就能够获得非常漂亮的分析结果图。
分析结果图示例
绘制图谱
大家常用的分子克隆软件是vector nti和snap gene,其中snap gene几乎集成了大多数分子克隆软件的优势,页面设计精美,且具备超多试用功能,在这里列举几个亮点功能,还有很多特色功能,大家可以自己去发掘哦!
· 多序列比对
· 自动检测常规特征
· 自动引物设计
· 支持Gibson Assembly
· 直接导入Genbank 序列号
04-22
ACCSI2024珂睿科技入围科学仪器行业投资潜力榜单并荣获成长潜力企业奖!04-19 珂睿marketing
宁波市政协主席陈龙一行莅临华仪宁创考察调研04-19
鄞州区人民政府副区长陈建恩带队赴华仪宁创开展企业帮扶现场办公会04-19
多因子实验操作二三事,轻松get高通量数据!!!04-19 赛默飞生命科学
高压均质技术在处理淀粉中的应用04-19 SCIENTZ
湖北省一天科技有限公司选购我司HS-STA-001同步热分析仪04-19
科普知识丨聚酰胺PA塑料的机械物理性能04-19
我司HS-STA-002同步热分析仪落户中国-东盟科技创新公共服务平台04-19
广东广纺检测技术股份有限公司二次选购我司炭黑含量测试仪04-19
【展会通知】2024年陕西省药学会第三届药品质量控制与检验技术大会04-19
世界地球日将至,与Detelogy一起守护地球!04-19 得泰仪器Detelogy
华谱科仪携S6000高效液相色谱仪亮相中国医药全产业链新资源大会04-19 华谱科仪
24节气|匠心随春风,天隆燃智造04-19
全域感知,“育”见环博 | 谱育科技再赴上海环博会之约04-19 点击关注→
光谱学常用术语04-19
融合创新,质领未来 | 青源峰达“THz+ & IC+”双生态亮相2024第十七届中国科学仪器发展年会04-18 SHINE
动物健康应用攻略第六期 | 猪轮状病毒专题(二)猪轮状病毒 A、B 和 C 型的多重逆转录qPCR鉴定04-18 赛默飞基因科学
近期热招职位 | 春暖花开之际,来和我们做同事吧04-18
来真的,揭秘药物销量榜“药王”诞生04-18