知识分享荟 | 细胞基因治疗系列

2022-10-31 14:51:14 苏州镁伽科技有限公司



载体构建前期需要做序列分析和载体图谱分析,以确保获得正确的质粒结构。上期我们介绍了质粒构建的基本方法,今天为大家分享质粒构建过程中常用的软件及数据库。


获取序列信息

NCBI(National Center for Biotechnology Information (nih.gov)常用于获取目的基因的主要来源,是生物学者们离不开的数据库。该数据库功能强大且操作便捷,只需将目标基因名称或蛋白质名称输入检索框,便可获取它的相关信息。这里以eglA6基因为例,在搜索结果的界面中包含基因来源、宿主信息、基因长度、CDS以及相关的已发表文献,读者可根据自己的需求直接下载相关文件。

同时,我们还可以运用NCBI中的BLAST功能检索与目标基因相关的其他基因。

检索质粒图谱

获得目的基因后,下一步常需获取质粒的图谱,接下来为大家介绍两种常用的质粒库。


 01  ADDGENE

ADDGENE(Addgene: Homepage):全球科学家质粒共享非盈利组织。Addgene是一个公益性组织,负责保存和提供质粒,涉及到质粒信息的已发表的文章也会备份到Addgene保存,网站会留存图谱信息。读者只需在首页选取载体数据库,搜索栏输入质粒名称,便可获得全部的图谱信息及fasta文件。


 02  Vector DB

VectorDB - Molecular Biology Vector Sequence Database (nthu.edu.tw),也是很多生物学者常用的质粒库,虽然它的页面设计十分简单,但是内容分类直观,关于质粒信息的总结和分类比较完整,基本包括了所有表达系统的质粒信息,可以帮助我们快速查找所需内容。


序列保守性分析

一般来说,基因序列高度保守说明相对于其他基因这个基因对于本物种的生存具有特殊意义,它可能编码一些非常重要的蛋白质。对于需要进行基因改造的研究来说往往需要进行序列的保守性分析,为后续的基因改造提供依据,这里为大家推荐clustal omega(www.clustal.org)+ consurf server的组合。

1.进入BLAST结果

2.复制名称和序列

3.粘贴至

consurf server

4.输出结果


只需将BLAST获取到的相关基因输入到比对框即可获得序列中每个位点的保守性。然后将比对的结果通过consurf server进行可视化,就能够获得非常漂亮的分析结果图。

分析结果图示例


绘制图谱

大家常用的分子克隆软件是vector nti和snap gene,其中snap gene几乎集成了大多数分子克隆软件的优势,页面设计精美,且具备超多试用功能,在这里列举几个亮点功能,还有很多特色功能,大家可以自己去发掘哦!

· 多序列比对

· 自动检测常规特征

· 自动引物设计

· 支持Gibson Assembly

· 直接导入Genbank 序列号



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