特刊 | Sharpless二次诺奖的数据分析与启发

2022-10-29 07:50:24, SixMol


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重大的科学发现及其深远影响是如何产生发展的,一直是科技工作者与科学政策研究者的重要思考点。最近十年,机器学习生成模型的文本挖掘技术,为定量深入理解学科领域发展、科学思想进展、科学发展政策以及科学家群体形成的认知-社会交互网络提供了新的研究工具,也为理解单一学科与交叉学科之间的关系提供了计算分析的新视角。诺贝尔奖得主的合作模式、获奖成果对其它学科的交叉影响力是尤其有启发意义的。长期以来,研究者习惯于从科学社会学的理论框架来定量研究科学家群体如何取得认识论上的进步、侧重于分析科学发现的过程,而较少从科学哲学对科学思想、概念与方法演变的理论框架出发来讨论科学辩护的过程。
在该研究中,作者利用LDA主题模型、链接分析与认知-社会网络聚类分析,以两次诺贝尔化学奖得主K. Barry Sharpless的点击化学(click chemistry)的提出和影响为例,计算分析了Sharpless的所有论文全文文本、使用催化剂的变化、合作网络中的研究主题、受其影响形成领域的新网络。结合机器学习,生成自下而上的模型分析与专家识别,采用科学哲学对特定学科为何具有自主性理论框架,计算、刻画、阐释了杰出科学家“无锋大师”的研究策略以及这种策略对其它学科领域产生的影响。研究的主要结论如下:

(1)对论文全文文本中的主题与催化剂演化的计算分析结果表明,Sharpless提出点击化学理念的核心是为了导向简单性的链接功能,而实现方法上的简单性是缘于Sharpless对反应性和机理本质的长期研究,通过机理解释对反应进行有效地介入。表1说明Sharpless研究主题的多样性,其中反应机制和研究策略在文本中出现的比例最高。从表2 可以看出Sharpless研究论文中的主题演化,从早期关注实验过程、机制到关注合成策略、反应特征,发展为最后关注功能和应用。特别是在第三个时间切片中,也就是从Sharpless获得第一次诺贝尔化学奖开始,“室温”和“水”作为新的主题词出现在聚类中。从2013年开始,有7个主题与功能导向的点击化学有关。而与选择性和反应性有关的反应机理,是主题演化过程中最稳定的聚类。图1呈现的是Sharpless在研究过程中使用催化剂的变化,催化剂也逐渐导向简单性。

表1  Sharpless研究论文中的主题分布

表2  Sharpless研究论文中的主题演化

图1 Sharpless使用催化剂的趋势图

(2)对Sharpless合作网络中的认知内容进行计算分析结果表明,其研究的新颖性不在于链接新的复杂化合物,而是在已有的、简单的小分子化合物之间建立新的链接。

 图2  Sharpless研究生涯中形成的认知-社会网络

(3)对研究文献和引证文献进行链接分析的结果均非常一致地表明,点击化学在其它领域的功能性的拓展,源于其简单性。图3是研究文献形成的概念共现聚类图,蓝绿色聚类为反应性和立体选择性,黄色聚类为点击化学,天蓝色聚类为反应类别,紫色聚类为点击化学在生物医学中的应用。令人惊讶的是,“water”作为特殊的网络节点,链接起原本互不关联5个聚类中的概念与方法网络。

图3 链接强度为50(a), 200(b), 400(c)时研究文献形成的概念共现网络图

令人惊讶的是,当我们对引证文献(引用Sharpless的文献)进行链接分时,引证文献中的概念也聚集为5个相同的类别,分别对应于合成方法(红色)、点击化学在分子生物学中(蓝绿色)和高分子化学(蓝色)中的应用。如图4所示,这意味着点击化学在其它领域建立起了新的链接性,连接5个不同聚类的是“活性”与“反应性”。

图4  链接强度为50(a), 200(b), 400(c)时引证文献形成的概念共现网络图

(4)相比第一个诺奖成果的影响领域(37个),Sharpless第二次诺奖成果的影响领域(103个)几乎涵盖了整个自然科学以及部分人文社会科学(图5)。点击化学以及它对生物学、医药学、材料学,乃至几乎整个自然科学和人文社会科学(表3)的影响,是因为化学学科的独特性——基于化学键而实现的链接。因而在学科交叉兴起的今天,单一学科的独特性依然值得重视。特别是在生物学、医药学等飞速发展的今天,化学学科的基础性、重要性和核心位置依然不可淡化。

图5  Sharpless第二次诺奖成果(b)与第一次诺奖成果(a)引证文献的领域分布对比

表3 引用次数小于15的引证文献研究领域分布

以上相关成果以“Research strategies in click chemistry: Measuring its cognitive contents and knowledge flow”为题,发表于Chinese Chemical Letters期刊。文章的通讯作者为华东师范大学化学学院的姜雪峰教授,第一作者为华东师范大学哲学系的朱晶教授。

J. Zhu, M. Chen, H. Liang, Q. Li, X. Jiang*
Chinese Chemical Letter 2022, DOI:10.1016/j.cclet.2022.107936.  
来源:ChinChemLett

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