生信对于热点该如何关注和思考?

2022-10-20 17:09:03, 科研指导团队


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生信对热点的关注和思考


现在的生信SCI,追热点已经不奇怪了,但怎么追,对热点怎么思考,不同人还是有不同程度的思考,有强有弱。今天简单举例下,关于“热点”,比如,早筛-液态活检-循环靶标,这个点,可以怎么思考借鉴。

(乳腺癌中不同分期下血液cfDNA中肿瘤来源ctDNA含量)


part 1:检索

首先得了解背景,早筛的应用,如液体活检的生物标志物,主要包括循环肿瘤细胞(CTCs)、循环肿瘤DNA(ctDNA)、细胞外囊泡(EVs,主要是外泌体)。


知道主题词,如CTCs,ctDNA,外泌体,然后去PubMed检索,最简单的检索词:主题词+GEO,看看这样的生信SCI目前的发文数量,发文质量,心里有个数。

发文并不多,甚至可以说少。不过2022年发的2篇,IF都比较高,一个2区,一个1区,都是10+以上的文章,也是生信SCI最值得借鉴思考的高分文章。


part 2:积累

通过CTC队列挖掘差异的基因,然后构建模型,再去做模型验证和预后效能评估,包括表达,突变,甲基化等等(数据很丰富)。有个大前提:有数据


思考1:巧妇难为无米之炊,首要的数据,需要提前看看有没有以及是否丰富,足够出一篇SCI的data量。

看到这,首先要思考的点就是:为何挑选这些数据?马上回到method,看作者有没有描述data怎么来的。

再多做一步工作,去检索下数据集。

再多做一步!看看还有哪些数据集,可以用做课题设计的来源。

很多人不知道怎么寻找数据集,或者不知道怎么某些基因怎么来的,其实文献或多或少都有介绍,就看自己思考的够不够了


(感兴趣的可以再多做一步:主题阅读,多看几篇CTCs的生信SCI,自己汇总整理


思考2:流程图。也是我们常规分析的第二大点:怎么一步步筛选的?这里开始则是我们常规文献借鉴思考的点,大家可自行思考,分析了什么,说明了什么问题。(提示:跟着基因走

Figure 2. Identification of methylation-driven DEGs.

Figure 3. Construction of prognostic riskscore model based on methylation-driven genes.


Figure 4. Assessment of the riskscore model as an independent prognostic tool


Figure 5. Functional enrichment for the Risckscore


Figure 6. Immune landscape in high and low-risk groups.


Figure 7. Genomic variation in high- and low-risk groups


Figure 8. Genomic mutation profile in high- and low-risk groups


Figure 9. Chemotherapy resistance analysis


Figure 10. Prediction of response to immunotherapy.


part 3:延伸

另外一篇,跟上一篇不同,偏自测数据的分析,主要就是筛选出靶标的,那这种可以怎么借鉴?(见红框

提示已经非常清晰了。很多人不知道单基因课题的单基因怎么来,这种也是获取单基因研究对象的一种思路。


千人千面,每个人擅长的点和思考的点都不同,但多思考,收获会多一些。大家感兴趣的可以自己找原文实打实研读思考下。毕竟,只有思考,是别人代替不了你进行的。


小结:生信这门技能,科研的应用越来越广!而越年轻的时候,能否有一些SCI打基础,对未来的发展差别还是很明显的,越早做打算越好,加油!

独学而无友则孤陋而寡闻,转发给你关心的朋友们~


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附录:生信SCI流程

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1,生信入门+课题设计(这部分是我们指导部分的大头,重要性50%,一般学习时间1-2个月)【这部分最重要】(课题设计的层次不够,创新度不够,生信SCI难发)

2,生信分析生信数据库+分析工具(前期生信基础有的话,直接分析,没有的话,可以对照视频实操一遍,用时1-3天【操作并不难,教程现在太丰富了】)

3,SCI作图+写作(需要看大量文献,推荐前期课题设计时可以顺便把文章整理标记,用时1周-2周)

4,选刊投稿(选杂志比较费时费力【生信期刊有限】,选好后仔细修改格式,预计3天-7天)

5,发表(不同杂志周期不同,具体得看杂志,一般OA贵一点,也快一点,预计6个月-8个月)


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