跟着18篇CNS文章学单细胞多组学分析(含空间转录组、chipseq、RNAseq、Atacseq外显子)10月22日

2022-10-20 16:07:05



本班成果汇报

    自生信培训班开班以来,目前据不完全统计,学员发表的一区文章已经超过30篇,已经有第一批学员以第一作者在Science子刊发表文章、第三批学员以共一作者在Nature主刊发表文章、第五批学员以第一作者在Cell主刊发表文章。培训班已经成功带领数千名临床医生和科研工作者进阶生信分析,从生信数据挖掘中找到课题研究方向,做出有价值的科学研究。有35%的学员来自海外(包括哈佛医学院、斯坦福、Broad研究所、加州大学、芝加哥大学、多伦多大学、东京大学、慕尼黑大学等),甚至有不少海外学员为参加直播课,凌晨四点起床学习。

包教包会         一对一指导服务  

学期两个月  报名送往期视频预习


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 单细胞精讲高阶班 

两个月直播教学零基础系统学习单细胞分析Python作为本次课程的重点分析软件,R语言作为本次课程的系统分析软件,深入剖析18篇CNS文章的分析思路和分析方法,以文章的fig为例进行代码演示复现学习,个性化分析、进阶分析灵活应用才能产出高质量文章

只有储备足够多的知识和经验(算法和思路)才能完成高质量、高水平文章的数据分析。基本的单细胞数据分析很简单,但是做出个性化分析、有科学意义的分析很难。

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 零基础系统班 

二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。

将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。


主讲老师华哥:  毕业于中山大学,目前为上海交大外聘专家,与多位院士团队和国外top实验室合作导过多篇CNS文章生信分析,参与过多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报,在国内多家著名医院担任国自然标书指导老师。有多年生信教学经验, 已经成功带领数千名临床医生和科研工作者进阶生信分析,从生信数据挖掘中找到课题研究方向,做出有价值的科学研究。



单细胞精讲高阶班(周末上课)

第一节课:Python系统讲解 ,jupyter notebook的环境搭建和基础知识讲解。
第二节课:Linux系统讲解 ,Anaconda的安装和conda环境创建,rstudio-server的系统讲解
第三节课:以Nature文章为例系统讲解单细胞数据质控、归一化处理、PCA降维、聚类、tSNE、UMAP可视化

Nature:Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells (2022.04.13-第三批学员为文章一作)

第四节课:Scrublet去除双细胞【Science】,DoubletFinder | 使用ANN算法识别单细胞数据中的DoubletNature Medicine

第五节课:CellTypist 免疫细胞自动注释【Science】,非负最小二乘回归的单细胞注释【Nature

第六节课利用VIPER算法来定量单细胞蛋白的活性

Cell:Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages

第七节课:使用VISION算法推断单细胞代谢活性【Cancer Discovery

第八节课展示不同分组marker基因展示多个重复的细胞类型比例展示 【Cell

第九节课:CellRanger处理单细胞上游数据,loom文件生成,velocyto.R 分析RNA速率【Nature

第十节课scVelo三种模型来确定动态变化过程驱动基因【Nature Biotechnology

第十一节课将velocity 与PAGA联合分析【Nature

第十二节课Dynamo分析animating neural activity response predictions【Cell

第十三节课PHATE同时保留局部结构(local structure) 以及全局结构(global structure)对单细胞数据降维【Nature

第十四节课CytoTRACE进行拟时间分析,基因表达量随PC1轴的变化 【Cell

第十五节课Diffusion Pseudotime Analysis  diffusion component【Cell Stem Cell

第十六节课Monocle2 和Monocle3系统讲解【Nature】,TCSeq分析基因随时间的变化【PNAS

第十七节课单细胞染色体拷贝数变异Science

第十八节课CellPhoneDB v.3.0系统讲解细胞互作和个性化作图展示【Nature Genetics

第十九节课NMF鉴定不同的生物学功能【Cell】,不同cluster的异质性确定【Cancer Cell

第二十节课Mfuzz、 BioNet调控网络构建

Cell:Molecular Choreography of Acute Exercise(第五批学员为文章一作)

第二十一节课使用SCENIC进行转录调控网络分析和核心驱动基因鉴定【Nature Medicine

第二十二节课scRNA-seq和bulk RNA-seq数据联合分析推断细胞类群互作网络【Cell

第二十三节课以Nature文章为例系统讲解单细胞空间转录组数据分析【Nature

第二十四节课以Nature文章为例系统讲解scRNA-seq与scATAC-seq联合分析【Nature Genetics

第二十五节课CITE–seq对单细胞转录组和膜蛋白进行定量分析【Nature Medicine

第二十六节课富集分析、差异结果展示

26.1 圈图展示富集结果【Nature Medicine

26.2 AUCell | 分析单细胞测序数据中不同基因集(通路)的活性Nature Medicine

26.3 Differences in pathway activities scored per cell by GSVA【Nature Medicine

26.4 利用OR比值查看不同处理组的各单细胞亚群的分布差异【Science

26.5 各个细胞类型的差异基因统一展示  【Cell

26.6 单细胞测序不同分组的相同cluster差异程度3维PCA展示以及差异热图展示【Cell


第二十七节课:MAGIC 利用流形学习还原单细胞的基因表达【Cell】


 

零基础系统班(每周二四六晚上7-10点)


第一节课:r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习

第二节课:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。

第三节课:芯片数据分析(主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线,以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图,包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 )

第四节课:rnaseq数据分析(包括系统讲解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三种差异分析的方法)

第五节课:基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定义基因集的富集分析以两篇nature子刊文章为例,系统讲解如何进行参数调整得到符合文章趋势的富集结果

第六节课:tcga 数据下载 整理 差异分析 结果画图展示

第七节课:非监督共识聚类算法系统讲解以两篇cell文章为例 通路分组的生存曲线 转录因子富集

第八节课:wgcna算法系统讲解以nature文章为例,系统讲解三种免疫浸润的算法,以及三种算法的具体应用场景和区别以及参数调整技巧

第九节课 :单细胞数据读取以nature文章为例,创建seurat对象 质控 s4对象的数据结构的系统讲解

第十节课:继续以nature文章为例系统阐释降维、聚类等概念,细胞亚群注释三种方法

第十一节课:多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法,同时讲解多线程运算原理和实操。

第十二节课:单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图

第十三节课:以nature文章为例系统auc算法计算通路活性,单细胞差异基因的富集分析 gsea 亚群的gsva  auc 转录因子预测

第十四节课:系统讲解拟时间分析 包括monocle2 和monocle3 做3d拟时间

第十五节课:系统讲解scenic算法 转录调控网络分析

第十六节课:系统讲解cellphonedb、cellchat、italk三种主流分析细胞互作的软件

第十七节课:infercnv和以cell文章为例的自定义算法的染色体拷贝数变异

第十八节课:单细胞非负矩阵 cnn降维 非共识聚类 以及单细胞的wgcna

第十九节课:以cell文章为例 系统讲解单细胞的RNA velocity应用

第二十节课:系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化

第二十一节课:chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找

第二十二节课:Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计算overlap、IDR评估、可视化。

第二十三节课:WES分析、gatk使用、VCF下游分析、annovar注释 

第二十四节课:单细胞空间转录组的注释以及可视化

第二十五节课:以优秀标书为例,讲解如何将所学生信分析应用于国自然标书申请+课程大总结



Chip-seq展示图


Bulk-RNAseq展示图





课程相关问题


1

两个月中间没时间咋办

不用担心,我们已经考虑到这个问题了,基本上我们都会给您两轮机会学习,而且还配备往期视频给您预习直到您学会为止,我们承诺包教包会,不行免费再来一次,我们不多您一个人。

2

课程售后服务怎样

再好的课程没有完善的后续服务只能让你摸不着脑袋,到处百度。我们课后有完善的一对一指导服务,保证解决每个学员的所有问题。另外你可以直接加老师的私人微信,让他更好的一对一指导。

3

两个月后老师还指导我吗

我们的指导暂时没有时间限制,一般情况下老师也不会拉黑你的。复习视频也不会限制时间


学习相关问题

会议时间

单细胞精讲高阶班:

10月22日开始 周六、日白天开课 

零基础系统班:

10月22日开始 每周246晚上7点-10点


授课方式

腾讯会议线上直播


主办单位

玮瑜科研平台


承办单位

上海玮瑜生物科技有限公司

上海玮瑜信息科技有限公司


会议费用:

课程费用:单独报名8800/人,两班连报费用待议

(可开会务 注册 试剂检测 数据分析等发票)


汇款账号

A:对公汇款:
户     名:上海玮瑜信息科技有限公司 
账 户 号:97340078801000000164
开 户 行:上海浦东发展银行大华支行 
B:支付宝转账
支付宝账号:wybiot@163.com   
支付宝户名:  上海玮瑜生物科技有限公司
C:信用卡或公务卡支付
微信或支付宝扫描二维码支付,通过信用卡/公务卡扣款

联系方式
谢先生 13611825136

报名方式
报名方法一:邮箱报名:编辑您的姓名、手机号码 参加班级发送到wybiot@126.com

报名方法二:在线报名:(长按识别或扫描下图二维码报名)

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