用户分享 | 吉因加：G99在肿瘤和病原方向的测试和应用

2022-10-11 09:00:35, 共享未来的深圳华大智造科技有限公司

高通量测序技术在肿瘤基因检测和病原微生物检测等领域的应用发挥着越来越重要的作用。由华大智造最新推出的“速度王者”DNBSEQ-G99数据产出速度快、质量高，有助于加速推动测序技术的本地化应用和落地。来自行业中游的企业用户杰出代表吉因加对G99平台在肿瘤和病原方向的多应用场景进行了初步探索。9月26日，在华大智造举办的用户分享会中，吉因加研发总监易玉婷博士对此进行了精彩分享。

其中，在肿瘤方向，吉因加采用10例FFPE样本和13例血浆样本基于G99进行了3轮测试；在病原应用，吉因加进行了8例样本的mNGS测序实验和12例样本的tNGS测序实验。此外，针对不同读长的双载片混动上机测序模式，吉因加在G99平台上展开了对肿瘤样本和病原样本同时上机的实测，测试结果表现优秀，性能远超预期。

表：吉因加G99测试方案

*测试数据质量以实际测试结果为准，根据实际测试过程中的样本类型、文库质量、插入片段长度等因素可能有所波动。

测试1：

G99在肿瘤精准用药方向的应用

“成熟的肿瘤临床应用呼唤更加灵活和快速的测序机型，非中心实验室的本地化应用呼唤更加灵活和快速的测序机型。”易玉婷博士表示。

自2018年以来，经由NMPA批准的肿瘤多基因检测试剂盒已多达17个。基于高通量测序技术的肿瘤用药基因检测日趋成熟，而且随着国内外一系列专家共识的发表，进一步指导和规范了其在临床的应用。与此同时，成熟的肿瘤临床应用呼唤更加灵活和快速的测序机型。

在肿瘤精准用药指导方向，针对FFPE样本的肿瘤Panel所需的数据量一般在1-4Gb左右（小Panel：1Gb；大Panel：4Gb），针对ctDNA样本所需的数据量一般在8Gb左右。当样本数量较多（>100例/周）的中心实验室，往往选用DNBSEQ-T7等超高通量基因测序仪进行集中测序；但在样本数量较小（10~50例/周）的非中心实验室，样本到达时间往往是分散的、不确定的，这时就更需要一款像G99这样灵活且快速的中小通量基因测序仪。

“通过对10例FFPE样本和13例血浆样本在G99平台的3轮测试，我们可以看到测序数据的产出是高于预期的（~123M reads, >80M reads），”易玉婷博士表示，“将G99与原有测序平台进行比较，我们发现G99在Q30、UMI完全匹配率、捕获区间内错配碱基的比率以及UMI 1bp容错的匹配率等方面的表现十分优秀。”

进一步分析的结果表明：G99样本质控信息表现优秀，与原测序平台一致；变异类型全面覆盖SNV、Indel、CNV和SV，变异检测的准确性100%，与原平台的VAF相关性可以达到99.08%。

测试2：

G99在mNGS和tNGS方向的测试

利用高通量测序技术展开mNGS检测，能够快速识别样本中的未知病原微生物，不依赖传统微生物培养，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。与此同时，将靶向富集与高通量测序两种技术的结合的tNGS（target NGS）在临床检验领域的应用也正在受到越来越多的关注。

图：两种病原检测技术

首先，在对于未知物种识别具有绝对优势的mNGS方向，吉因加选用8例肺泡灌洗液样本基于G99进行了2轮测试，测序读长为SE50，获得全部所需数据仅需3小时，数据质量表现优秀（Q30>95%），而且进一步分析结果与Gene+Seq200的病原检测一致性高。

其次，在对于低丰度病原/耐药基因/毒力基因检测更具优势的tNGS方向，吉因加在G99平台对12例样本进行了单轮测序，Total reads达到126M，且Q30均大于90%，并且在RPM和Coverage方面，G99的测序表现都与原测序平台达到了高度一致。

对此，易玉婷博士表示：“G99的速度之快有目共睹，SE50测序3小时就够了，SE100测序只需5小时即可完成，另外它的中低通量也很适合tNGS这样的检测项目来运用。”

测试3：G99混动上机模式

当非中心实验室只有一台基因测序仪，但需要同时进行病原和肿瘤检测时，使用G99的双载片混动上机模式就可以解决这个问题。

DNBSEQ-G99配备双载片测序平台，且双载片运行流程相互独立，支持单载片测序、双载片同时测序、双载片滚动上机测序，以及混合读长的双载片混动上机测序等多种测序模式。在实测过程中，基于同一台G99，吉因加先将肿瘤样本在A边进行上机测序（PE150），紧接着（12分钟后）就在B边进行了病原样本的上机测序（SE100），最后在5小时内拿到了病原样本的下机数据、在12小时内拿到了肿瘤样本的下机数据，两边的测序数据是独立运行的、没有受到任何干扰的。