大队列蛋白质组学研究样本制备新方案-Positive-Pressure FASP in 96-Well Format（PF96）

• HeLa 细胞裂解液：采用冷PBS清洗置换培养基，加入1%SDS（per 106cells），冰上超声，之后4℃离心10min，取上清待用，部分进行蛋白含量测定。

• 小鼠心脏裂解液：采用PBS/肝素灌注，取约8mg组织，加入300ul裂解液（50mM Tris-HCl pH7.8, 150mM NaCl, 1%SDS, 不含EDTA的蛋白酶抑制剂和磷酸酶抑制剂）。再加入适量玻璃珠进行超声裂解20min。最后取适量样品进行蛋白含量测定。

取样品在暗处进行还原烷基化处理，之后转移至30KD的过滤板中进行正压过滤，使用A200分配淋洗试剂进行清洗，之后加入酶解试剂，收集肽段样品。然后进行脱盐处理。最后进入nanoLC-MS/MS分析。

• 为探究样本制备的差异，进行了如下实验，对40份48μg小鼠心脏组织进行PF96处理，并将其中几份样品重复LC-MS检测。从右图1中可以看出所有样品的肽段回收率非常相近。由PF96引入的差异略小于LC-MS导致的差异。

图1

• 之后对共计80份小鼠心脏组织样品进行预处理，并加入稳定同位素标记（SIL）肽段进行靶向LC-MS分析。从下图2中可以看出，样本制备引入的差异与LC-MS分析引入的差异别无二致。综合文中DDA数据和靶向LC-MS结果分析，PF96引入的误差几乎可以忽略。

图2

• 相对离心式超滤管采用角转子离心机，PF96采用了正压设备，如下图3，样品平铺在过滤膜上，受力均一，蛋白清洗等步骤更为完全；不会导致蛋白或大蛋白的丢失。这都为样品制备的可重复性提供了帮助。
  

图3

• 多种规格：96孔板，散柱子；2.5mg，10mg，30mg，60mg等多种填料规格。

• 填料类型：C18，亲水亲油平衡（Atlas），离子交换等。

• 专注实验室自动化领域，可实现多种复杂流程的液体转移

• 具有强大的整合能力，整合经验丰富

Reference: J. Proteome Res. 2022, 21, 4, 1181–1188; Toward Zero Variance in Proteomics Sample Preparation: Positive-Pressure FASP in 96-Well Format (PF96) Enables Highly Reproducible, Time- and Cost-Efficient Analysis of Sample Cohorts.