跟着18篇CNS文章学单细胞多组学分析（含空间转录组、chipseq、RNAseq、Atacseq 和外显子等）5月21日开始

第一节课：r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习

第二节课：在实战中进一步提升对r语言的学习，主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。

第三节课：芯片数据分析（主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线，以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图，包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 ）

第四节课：rnaseq数据分析（包括系统讲解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三种差异分析的方法）

第五节课：基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定义基因集的富集分析以两篇nature子刊文章为例，系统讲解如何进行参数调整得到符合文章趋势的富集结果

第六节课：tcga 数据下载 整理 差异分析 结果画图展示

第七节课：非监督共识聚类算法系统讲解以两篇cell文章为例 通路分组的生存曲线 转录因子富集

第八节课：wgcna算法系统讲解以nature文章为例，系统讲解三种免疫浸润的算法，以及三种算法的具体应用场景和区别以及参数调整技巧

第九节课 ：单细胞数据读取以nature文章为例，创建seurat对象 质控 s4对象的数据结构的系统讲解

第十节课:继续以nature文章为例系统阐释降维、聚类等概念，细胞亚群注释三种方法

第十一节课：多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法，同时讲解多线程运算原理和实操。

第十二节课：单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图

第十三节课：以nature文章为例系统auc算法计算通路活性，单细胞差异基因的富集分析 gsea 亚群的gsva  auc 转录因子预测

第十四节课：系统讲解拟时间分析 包括monocle2 和monocle3 做3d拟时间

第十五节课：系统讲解scenic算法 转录调控网络分析

第十六节课：系统讲解cellphonedb、cellchat、italk三种主流分析细胞互作的软件

第十七节课：infercnv和以cell文章为例的自定义算法的染色体拷贝数变异

第十八节课：单细胞非负矩阵 cnn降维 非共识聚类 以及单细胞的wgcna

第十九节课：以cell文章为例 系统讲解单细胞的RNA velocity应用

第二十节课：系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化

第二十一节课：chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找

第二十二节课：Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计算overlap、IDR评估、可视化。

第二十三节课：WES分析、gatk使用、VCF下游分析、annovar注释 

第二十四节课：单细胞空间转录组的注释以及可视化

第二十五节课：以优秀标书为例，讲解如何将所学生信分析应用于国自然标书申请+课程大总结

第二天    单细胞蛋白活性、代谢活性推断

1、利用VIPER算法来定量单细胞蛋白的活性

Cell：Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages

2、单细胞推断代谢活性【Cancer Discovery】

3、 展示不同分组marker基因【Circulation】

4、多个重复的细胞类型比例展示 【Cell】

第三天    差异分析 富集分析  通路活性

1、AUCell | 分析单细胞测序数据中不同基因集(通路)的活性【Nature Medicine】

2、Differences in pathway activities scored per cell by GSVA【Nature Medicine】

3、利用OR比值查看不同处理组的各单细胞亚群的分布差异【Science】

4、各个细胞类型的差异基因统一展示  【Cell】

5、单细胞测序不同分组的相同cluster差异程度3维PCA展示以及差异热图展示【Cell】

6、圈图展示富集结果【Nature Medicine】

第四天    拟时间  单细胞CNV

1、CytoTRACE进行拟时间分析【Cell】

2、Diffusion Pseudotime Analysis  diffusion component【Cell Stem Cell】

3、基因表达量随PC1轴的变化 【Cell】

4、TCSeq分析基因随时间的变化【PNAS】

5、Monocle2 和Monocle3系统讲解【Nature】

6、单细胞染色体拷贝数变异【Science】

第五天    RNA动力学

1、velocyto.R 分析RNA速率【Nature】

2、使用Reticulate在R中运行scVelo来确定动态变化过程驱动基因【Nature Biotechnology】

3、将velocity 与PAGA联合分析【Nature】

4、Dynamo分析RNA速率【Cell】

5、PHATE对单细胞数据降维【Nature】

第六天    转录调控网络 细胞互作

1、CellPhoneDB v.3.0系统讲解细胞互作和个性化作图展示【Nature Genetics】

2、NMF鉴定不同的生物学功能【Cell】

3、Mfuzz、 BioNet调控网络构建

Cell：Molecular Choreography of Acute Exercise(第五批学员为文章一作)

5、使用SCENIC进行转录调控网络分析和核心驱动基因鉴定【Nature Medicine】

6、不同cluster的异质性确定【Cancer Cell】

第七天    多组学联合

1、scRNA-seq和bulk RNA-seq数据联合分析推断细胞类群互作网络【Cell】

2、以Nature文章为例系统讲解单细胞空间转录组数据分析【Nature】

3、以Nature文章为例系统讲解scRNA-seq与scATAC-seq联合分析【Nature Genetics】

4、CITE–seq对单细胞转录组和膜蛋白进行定量分析【Nature Medicine】

课程相关问题

1

两个月中间没时间咋办

不用担心，我们已经考虑到这个问题了，基本上我们都会给您两轮机会学习，而且还配备往期25节课视频给您预习直到您学会为止，我们承诺包教包会，不行免费再来一次，我们不多您一个人。

2

课程售后服务怎样

再好的课程没有完善的后续服务只能让你摸不着脑袋，到处百度。我们课后有完善的一对一指导服务，保证解决每个学员的所有问题。另外你可以直接加老师的私人微信，让他更好的一对一指导。

3

两个月后老师还指导我吗

我们的指导暂时没有时间限制，一般情况下老师也不会拉黑你的。复习视频也不会限制时间

学习相关问题

会议时间：

两个月基础课程：2022年5月21日开始 

学期两个月 每周246晚上7点-10点

七天集中的课程：5月21日开始 

连续两个周末加135晚上7-10点

授课方式：

腾讯会议线上直播

主办单位：

玮瑜科研平台

承办单位：

上海玮瑜生物科技有限公司

上海玮瑜信息科技有限公司

会议费用：

课程费用：单独报名8800/人，两班连报费用待议

（可开会务 注册 试剂检测 数据分析等发票）

汇款账号：

A：对公汇款：

户     名：上海玮瑜信息科技有限公司 

账 户 号：97340078801000000164

开 户 行：上海浦东发展银行大华支行 

B：支付宝转账

支付宝账号：wybiot@163.com   

支付宝户名:  上海玮瑜生物科技有限公司

C：信用卡或公务卡支付

微信或支付宝扫描二维码支付，通过信用卡/公务卡扣款

联系方式：

谢先生 13611825136

报名方式：

报名方法一：邮箱报名：编辑您的姓名、手机号码 参加班级发送到wybiot@126.com

报名方法二：在线报名：（长按识别或扫描下图二维码报名）

 其他课程安排 关注我们 点击近期会一和近期会二

时间		培训名称	费用
5月21开始	线上	两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言	8800
5月28开始	线上	跟着18篇CNS文章学单细胞多组学分析	8800
5.21-22	线上	文献计量论文写作发表培训班	3200
5.21-22	线上	包教包会全程辅导学Meta分析和网状Meta分析	3800
5.21-22	线上	利用网络药理学和分子对接技术发高分文章	3200
5.21-22	线上	多模态脑影像数据的处理与分析零基础实操培训班	3800
5.28-29	线上	包教会全程辅导影像组学应用与SCI论文写作	3800
5.28-29	线上	肠道菌群机制研究及基金课题设计	3200
5.28-29	线上	肿瘤微环境和免疫治疗课题思路介绍及热点方向	3200
5.28-29	线上	磁共振ASL与PET数据处理与分析零基础实操培训班	3800
5.28-29	线上	图表制作、插图、模式图和论文写作专题学习线	3200
6.6-9	线上	随访资料生存分析处理方法培训班	3200
6.11-12	线上	临床数据预测模型类论文专题培训班	3200
6.11-12	线上	即学即用SCI论文写作体系培训班	3200
6.11-12	线上	如何利用生信热点结合R语言挖掘TCGA、GEO等公共数据库发表文章	3200
6.11-12	线上	CRISPR/Cas9基因编辑技术专题培训班	3200

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