剖析发表高分文章和极具创新性的类器官套路

2022-01-24 07:28:43, Paper选刊博士




近3年来,类器官可谓是火出一片天,模型本身具有极高的创新性,深受基金申请和高分杂志的青睐;由于人源化类器官可真实模拟人体内真实反应及机制改变,所以是疾病研究的不二之选,可据此轻松发表高分文章并申请国自然。今天我们将通过2020年发表在oncogene(IF=9.867)上的一篇文章讲解一下类器官研究的套路,并在文末附上肿瘤及其他类器官构建,培养,基因编辑及染色的操作课程

图1. 科技部发布了“十四五”国家重点研发计划的6个重点专项: 

其中就包括类器官与人源化动物模型




一、研究背景


胃癌是目前发病率及死亡率都排在前列的一种肿瘤,进展期胃癌目前的辅助治疗仍为以氟尿嘧啶为主的化疗,但是氟尿嘧啶在在胃癌中极易出现耐药性,成为制约胃癌预后改善的主要原因。类器官由于可以真实模拟人体内真实反应,因此对于耐药性研究得天独厚,本文构建了氟尿嘧啶原发及继发耐药的胃癌类器官,寻找特异性靶点并进行验证。



二、研究思路


2.1 构建类器官库

研究方法及结果:

A-B:构建胃癌类器官库,并检测IC50,明确原发敏感及耐药类器官

D-E:将敏感株诱导为耐药株,并示类器官的明场及HE鉴定图片


第一步:构建类器官库(10个以内),鉴定原发耐药及敏感类器官,并将敏感株诱导为耐药株。

改进:需要将类器官对应患者的临床随访结果加入到A-B图下,以证明可模拟人体内真实反应


2.2 转录组学-筛选导致耐药的靶点

研究方法及结果:

A-D:将亲本敏感类器官及诱导耐药类器官进行对比,进行转录组学比较差异基因。


第二步:转录组学对比亲本株与耐药株,比较差异基因,筛选靶点;


2.3 靶点验证-临床样本验证

研究方法及结果:

C:使用临床样本验证所筛选到的靶点KHDRBS3在胃癌中高表达;

D:IHC临床样本验证KHDRBS3水平与接受氟尿嘧啶治疗胃癌患者生存预后的相关性。


第三步:临床样本验证所筛选的靶点,表达与预后相关性,增加靶点的实际价值;

改进:C图中将样本如果可以替换为耐药患者敏感患者样本的对比会更完美。


2.4 表型验证

1. 研究方法及结果(在高表达且耐药的类器官中进行敲除验证):

A-B:在继发性耐药类器官上敲除KHDRBS3,并进行WB及IHC验证;

C:敲除KHDRBS3后,继发性耐药类器官对氟尿嘧啶的IC50明显降低,变得更为敏感。


表型验证套路:在高表达且耐药的类器官中实行敲除,在低表达且敏感的类器官中实行过表达,并进行表型验证


2. 研究方法及结果(在低表达且敏感的类器官中进行过表达验证):

A-B:在原发敏感类器官上过表达KHDRBS3,并进行WB及IHC验证;

C:过表达KHDRBS3,并进行氟尿嘧啶IC50检测,发现过表达KHDRBS3后类器官对氟尿嘧啶的IC50上升,变得更为耐药。


第四步:分别通过敲除,过表达靶点基因在类器官上进行功能验证。


改进:应该探索KHDRBS3诱发耐药的机制,将敲除KHDRBS3的类器官与Ccontrol进行转录组学及蛋白组学检测,明确其发挥耐药作用的机制,这个故事会更加完整!


这篇文章在这里就结束了,做的比较简单,从靶点筛选到功能验证,内容少但是能发高分,就是因为类器官是目前很热且创新性很高的一个点,若是能将最后一步改进加入,文章整体水平能提升到NC水平。所以,基于类器官发表文章是具有很大优势的。



三、国自然申请


类器官是科技部发布了“十四五”国家重点研发计划的6个重点专项之一,在国自然申请中占有很大的优势,只要我们理清逻辑思路,国自然自然可以水到渠成。

1. 构建类器官库: 特殊现象更佳,例如耐药,转移,免疫抑制剂不敏感等;

2. 转录组/蛋白组筛选靶基因:筛选目标基因;

3. 临床样本验证:在临床大样本中验证所筛选靶基因的正确性,将筛选范围进一步缩小;

4. 功能验证:对筛选所得靶基因在类器官层面进行基因编辑,进行肿瘤功能层面验证;

(以上数据适合在国自然申请前期数据中出现)

5. 机制研究:将基因编辑的类器官与对照类器官进行转录联合蛋白组学检测,分析下游通路及靶基因;

6. 解决提出问题:可用转录联合蛋白组学中求得的最佳通路的抑制剂进行作用,进行机制及效果验证,解决所提出的临床问题。

以上一个完整的国自然就完成了。


基于以上内容,我们发现类器官具有极高的创新性,使用类器官发表文章及申请国自然都是很有优势的,对于我们来说,最重要的一步是如何构建类器官,我们下面的课程完整介绍了类器官构建,培养,染色,基因编辑的具体细节及完整步骤,以及如何利用类器官发文章和申请项目,帮助大家更有利的申请国自然,发表高分文章!


课程名称:实验新高地——类器官

课程推出时间:2021年10月


课程链接:https://ke.qq.com/course/4001890,需将该链接复制粘贴至浏览器;或者百度“腾讯课堂”,网站首页搜索“解颐”即可了解本平台所有录播课程。




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