有了生信数据，不会写文章怎么办？

2021-11-24 12:37:00, Paper选刊博士

Hello大家好，之前我们推出的几期跟大家分享了如何选刊（好刊和好发的刊，这个问题你弄懂了吗？）。但是后台就有粉丝问我啦，文章都没有的话怎么投稿选刊，不能本末倒置呀！那么我们今天来聊一聊写作方面的话题。

随着组学数据的发展，众多粉丝手头或多或少都握着一些组学数据结果，但面临着如何使用及成文的困难。今天，针对如何从“生信结果”构思“文章框架”的问题教给大家一些Tips。

说实话，生信文章框架其实也是生信数据整体分析的思路。话不多说，从文章讲思路：

1.CeRNA的写作思路：以文章研究目的（探讨结直肠癌相关预后靶点）出发，从常规分析步骤及结果进行布局文章框架（差异表达基因结果→LncRNA-miRNA-mRNA关系对筛选→ceRNA调控网络构建→网络节点生存分析→预后相关基因风险模型构建），探讨该疾病的预后靶点。这也是生信文章中最为常见的文章框架模式。

拓展：不仅可以从预后靶点出发：还可以从临床特征角度：转移、耐药、复发、并发症；基因类型角度：RNA甲基化、突变、焦亡、铁死亡、炎症因子等等一类基因作为切入点，探讨这类基因与疾病的关系。

比如这篇文章：Explore prognostic marker of colorectal cancer based on ceRNA network。

文章的思路和撰写路线如下：

技术路线

结果展示

2.风险模型分析的写作思路：文章目的：筛选能够检测淋巴结转移高危患者分子标记物。这篇文章的布局为：（公共数据联合分析筛选淋巴结转移miRNA且诊断模型构建→临床样本验证模型准确性→特殊临床样本再次验证）。文章的优点在于切入点（检测淋巴结转移高危患者靶点）具有新颖性和实用性；其次，也是最重要的，纳入了大量临床样本反复验证，让生信分析的结果在临床数据中得到了验证。这就是另一种文章框架模式：公共数据库生信初步分析+临床样本再次验证分析结果。

请看这篇案例文章：A MicroRNA Signature Identifies Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Patients at Risk for Lymph Node Metastases

文章的思路和撰写路线如下：

技术路线

结果展示

3.单细胞测序的写作思路：对于单细胞测序数据的文章，根据作者关注的切入点进行不同层面分析，但无论如何，都绕不开细胞间的作用。本篇文章目的：揭示肾透明细胞癌中瘤内异质性对肿瘤预后及身体免疫的影响。作者以瘤内细胞异质性现象及其对疾病的影响为切入点，逐步布局文章结构：癌和癌旁细胞群分类（常规分析的结果）→巨噬细胞M2极化→肿瘤微环境出现CD8+T细胞耗竭→癌细胞代谢异常→肿瘤微环境中肌成纤维细胞显著富集且异质化→肿瘤来源内皮细胞出现不同表型→免疫细胞浸润与预后相关。这又是一种文章框架：始于研究目的，基于生信分析结果，揭示疾病出现的异常现象。

请看这篇文章：Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes