2021-08-27 09:36:03 默克生命科学
可靠的核酸检测技术是排查疫情,寻找传染源的重要手段,也是后续切断传染途径的基础,对于疫情防控极为关键。“假阴性”的存在,对于准确发现传染源带来了严重的挑战。
“假阴性”的原因
1.
患者本身病情轻重程度、疾病发展的不同阶段:感染初期、轻症患者的本身载毒量较低这可能导致不能成功采集到病毒;
2.
取样采样的部位与方法:肺部灌洗液和痰液中的病毒核酸量高于鼻、咽等呼吸道拭子,而呼吸道拭子中的病毒核酸量会远远高于血液。
3.
RNA的稳定性:RNA的单链结构决定其不像DNA一样稳定;RNA结构的不稳定性直接导致其突变概率较高,通过突变以适应环境,Alpha、Beta、Gamma、Delta……
a)
采集样本之后的保存、转运过程,温度、环境的变化,极易导致RNA的降解;
b)
无处不在的RNase,RNase通过破坏RNA的磷酸二酯键来降解成寡RNA,造成PCR扩增失败,无法扩增出足够的拷贝,显示“假阴性”的信号;
4.
试剂盒引物设计及试剂去RNase: 合理的引物设计,PCR用水中RNase的去除对于降低假阴性的概率有至关重要的影响。
去除RNase的方法
主要有DEPC、超滤两种方法。用DEPC 对溶液进行化学处理是一种非常有效的方法,但它存在几个缺点:
1.
安全问题。DEPC 是一种疑似致癌物质,因为它可能与嘌呤发生反应,因此需要谨慎使用。此外,如果瓶子在室温中暴露于湿润的空气中,DEPC 可能会水解,将会产生二氧化碳,这会增加潜在的危险。
2.
时间和能源消耗。DEPC 和核酸酶之间的化学反应需要一定的时间,为了破坏DEPC,需要对溶液高压灭菌。而高压灭菌需要消耗大量的水和电。
3.
引入可能影响实验的杂质, 当DEPC 在高压灭菌时会水解产生乙醇和二氧化碳(图1)
图1 DEPC与水的反应
4.
核酸酶不能从水中直接除去,而只能通过与DEPC 的化学反应而失活。
图2显示当使用超滤去除RNA酶溶液时,rRNA保持了完整。同时,使用常规DEPC处理RNase溶液也能防止rRNA降解。作为对比,当RNase 溶液未处理时,rRNA 被降解。这表明了使用超滤去除核糖核酸RNA 酶与通过DEPC 处理灭活RNase 效果相当。
图2 rRNA经过DEPC、
超滤级未经处理的凝胶电泳结果对比
与耗时又复杂的DEPC 处理方法不同,通过水纯化系统的超滤终端方式获得无核酸酶的水,是一种安全又便捷的方法,无需提前订购瓶装无核酸酶的水,或花时间制备DEPC 水。相对于DEPC,超滤方法还有如下优势:
无需添加化学物质到水中,所以没有其他试剂干扰的风险
高纯度无核酸酶的水。超滤技术是从水中直接除去核酸酶而不是仅仅使他们灭活
Biopak®超滤(UF)滤芯
为分子生物学、生物化学和细胞培养等应用而设计,可去除大分子和较大的生物结构,例如细菌。该装置由聚砜超滤中空纤维制成。可以去除热原(内毒素)、RNA酶、DNA酶、蛋白酶和细菌。
Biopak®终端精制器
为需要超纯水用于细胞培养、生物化学或分子生物学应用的科学家提供了方便而经济的解决方案,可安装于Milli-Q® IQ 系列纯水系统的POD取水手臂,不同终端精制器可用于去除特定类型的污染物,以满足不同的应用需求。
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