2021-03-14 15:26:49, 多层组学定制服务 上海欧易生物医学科技有限公司
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“我要送的样品比较特殊,但是想要做蛋白组学,怎么处理可以进行抽提实验?”“做LC-MSMS蛋白鉴定,磁珠样本寄样需不需要干冰保证低温环境?”想必各位伙伴们都在工作、实验中遇到过这样的问题,现在就让实验室里专业的前处理人员来帮我们回答这些问题吧~
首先,寄样需不需要提供冷冻环境,答案是肯定的,蛋白质组学的样本在低温的环境中不易变性,在抽提实验中蛋白的得率就会更高,所以小伙伴们蛋白寄样基本都是需要加上干冰的哦。一般加干冰的量我们按照每天5kg来进行递增计算,本地送样推荐10kg,偏远地区需要20kg。
接下来我们来了解一下针对不同类型样本的送样指南,包教包会哦!
一、动物篇
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动物组织的样本蛋白量相对较高,送样量的要求也相对比较宽松,一般提供50~100mg的量即可。此外,组织上有血迹、脂肪、结缔组织的还需要用PBS和组织剪将其清理干净。送样前将样品用液氮速冻5min,放置在-80℃保存,送样时需要置于干冰环境中运输。
动物的悬浮培养细胞也是比较热门的蛋白组学研究对象,如果想做细胞的蛋白组学,起码需要1×107个细胞,离心后收集,置于-80摄氏度环境中。
二、植物篇
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植物相较于动物,蛋白占比不高,所以送样在量上面的要求会多一些,推荐送500mg以上的量可以确保实验能够提取到充足的蛋白。如果是种仁、豆类等蛋白含量比较高的,200mg足以完成抽提。
处理样本需要用PBS将样本表面的泥土等杂质冲洗干净,去除掉多余的组织。最好能够保证样本的形态和纯度,不推荐用锡纸包裹,放在EP管中使其形态完整为最佳。用液氮急速冷冻5min后置于-80℃环境中保存,送样时需要添加干冰。
三、微生物篇
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微生物比较常规的类型包括细菌和真菌。一般来说1×108个或200mg的样本量可以保证实验顺利进行。
细菌
细菌的收集方法是通过离心弃上清,收集沉淀后用PBS冲洗数次后,用液氮冷却,置于-80℃储藏。
真菌
真菌一般都是以菌株形态存在,不需要溶液介质,所以用PBS洗净后即可放入管中。同样的冷处理处理方式后,干冰寄样。
四、液体篇
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液体样本一般有血清血浆、细胞上清、发酵液、脑脊液等,具体的处理方式这里直接上图给伙伴们参考。
血清
01
1)使用真空采血管收集血液,轻轻地上下颠倒混匀5~6次。
2)4℃ 静置30-60min,让全血凝集;
3)4℃1500-2000×g离心10min,取上清;
4)用移液器将上层淡黄色血清转移到离心管中,加入蛋白酶抑制剂,混匀,瞬时离心;
5)液氮速冻5min,保存于-80℃。
血浆
02
1)使用EDTA抗凝管采集全血,颠倒混匀8~10次,4℃1500-2000×g离心10min,取上清;
2)用移液器将血浆转移到离心管中,加入蛋白酶抑制剂,混匀,瞬时离心;
3)液氮速冻5min,保存于-80℃。
细胞上清液
03
1)在收集前改用不完全培养基培养,即用不加血清的培养基进行培养。
2)待细胞铺满80%左右,用移液枪吸取上清。
3)4℃,6000rpm离心5min,弃去底部可能出现的固体沉淀。
4)液氮速冻5min,冻存在-80℃,干冰寄送。
脑脊液关节液
04
1000g-2000×g离心5min,使用0.22um,滤膜过滤,取上清,液氮速冻5min,-80℃保存,干冰寄送。
发酵液
05
10000 rpm-20000 rpm 离心 30-60 min,(或使用0.22um滤膜过滤),取上清;液氮速冻5min,冻存在-80℃。
五、PCT样品/石蜡样本、动物篇
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微量样本(1mg左右)一般是会作为PCT样品进行寄送,除石蜡切片不需要干冰寄样外,其余组织等样品还是需要干冰提供送样低温环境。在数量上的要求一般细胞需要50-100万个细胞以上,穿刺样本等组织需要1-2mg,石蜡切片则需10 µm的石蜡切片10片/样(≥1 mg)。
六、LC-MSMS篇
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LC-MSMS主要功能是蛋白鉴定,目前我们接收的样本有SDS-PAGE胶条和蛋白磁珠样本。
SDS-PAGE胶条建议大家使用考马斯亮蓝染色(条带清晰,无降解),用EP管装好,不用加任何保存液,用冰袋寄送即可,颜色非常浅的条带可取多个重复样本放一起。胶条只需要常温保存,运输需要放在冰袋环境中即可。
蛋白磁珠样本不建议加loading buffer后100度加热,直接将连着磁珠的蛋白溶液用干冰寄送就好。送样形式也是采用-80 度冻存,干冰运输。
鹿明生物也在后基因组时代的多组学浪潮中,针对我们已有的蛋白组技术、代谢组技术不断地迭代升级,组合创新,希望以最好的技术为科学家们服务,为生命科学研究助力。欢迎咨询鹿明生物最新技术及最新福利活动吧!
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END
家橙老师 撰文
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本文系鹿明生物原创
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