RT-qPCR不想自己设计引物?送你一个现成的数据库要不要?!

2019-02-26 23:06:13, WEE


科研小助手曾在之前的推文『绝不骗你!RT-qPCR引物设计5秒就够了!』中介绍了一个设计RT-qPCR引物的数据库PrimerBank,相信很多童鞋因此受益,不过该数据库只收录人和小鼠的引物,连大鼠的引物的都不收录而要想做好RT-qPCR,引物着实很重要,那怎么办呢?我也很绝望啊


于是科研小助手又为大家找寻了另外一个数据库:RTPrimerDB!这个数据库收录了人、水稻、拟南芥、小鼠和大鼠等21个物种的引物信息!是不是够全!


那么接下来就看看这个数据库怎么用吧!


首先打开网址:

http://www.rtprimerdb.org/

首页是该数据库的介绍,大体是讲RTPrimerDB是一个提供荧光定量PCR中引物和探针的公共数据库,旨在节省科研人员引物设计以及实验优化的时间,以及在不同科研机构间引入一致性的标准化流程。

然后在上方的搜索框中输入你要查询的基因名称(在这里科研小助手以p53为例)。当你输入基因名称时会出现下拉框,显示所有含你输入内容的基因名称信息,选择Tp53,tumor protein p53。


出现如下界面,该界面显示了p53基因的所有引物信息:


我们选择第一条,点击ID栏的1186即可进入该引物的详细信息界面。最顶端是该引物的基本信息,primers and/or probes一栏是该引物的退火温度和序列信息,在Sequence evaluation一栏则是该引物对应该基因的每个转录本所匹配的位置信息!

而最赞的是在该页末尾还列出了引物提交者的信息以及使用过该引物的相关人员的反馈信息!

除此之外你也可以点击左侧菜单栏的Browse,然后选择你想要的物种Homo sapiens,点击想要查询的基因的首字母T,然后在列表中选择TP53,同样可以到达上述引物界面!


是不是觉得这个数据库很赞?不过,该数据库发展前景并不是很乐观,迄今为止也仅仅收录了8232条相关引物,而最近的提交信息仅到2011年1月6日!

有没有小伙伴好奇第一个提交的引物的信息?反正小助手是去搜了。你也去看看吧!好了,今天就讲到这里吧,如果你觉得该文对你有帮助,麻烦分享到朋友圈支持一下小助手哦~我们后续会分享更多的干货给大家!


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