SpectroDive 13 发布，新增多肽组靶向，性能大幅提升

 新增功能：

改进的非特异性肽谱库生成：

- Kuiper 搜索引擎：全新搜索引擎 Kuiper，与最新Spectronaut20，SpectroMine5一致，用于生成基于 DIA 和 DDA 数据的最新状态非特异性谱图库。

- PTM 开放搜索： 这种新模式允许在生成谱图库时快速查询潜在的PTMs。

- 性能突破：

- 非特异性（和半特异性）谱图库生成速度提高至最高85%，不受肽长度约束的影响。

- MHC Class I 免疫肽谱型库识别率提高至最高80%。

- MHC Class II 免疫肽和其他非特异性谱型库识别率提高至最高30%。

- 无与伦比的速度：在不牺牲性能的情况下，分析速度显著提高。

- 深度学习模型优化： 在谱图库生成和基于fasta预测panel生成过程中，深度学习模型的关键性能指标提高了高达50%。

- 新型评分系统：非特异性谱图库生成中显著提高准确度。

改进

可视化改进：

- 校准曲线图： 校准曲线图已进行改进，清晰显示了在定量范围计算过程中被过滤掉的点。

命令行选项：

- SpectroDive支持基于命令行调用

设置更改：

- Pulsar 搜索修改： Pulsar Search -> Edit -> search mode中添加了“PTM probing search”选项

稳定性与易用性改进

- 错误处理： 如果遇到缺失的修饰，将停止整个流程而不是忽略它。

- 修复图表错误：解决了输出 PNG 文件中的 MS2 XIC 对齐图中的轴存在或不存在问题。

- 修复兼容性问题：导入自外部源（如MSFragger）的库现在可以与PTM定位算法兼容。

- 修复对齐问题：当选择新的Eluting Group时，MS2 对齐稳定性图的缩放问题已解决。

- 新增特性： 校准曲线图添加了 `EG.IsUsedInCC` 和 `EG.IsIdentifiedWithStatusCheck` 。

- 修复解析错误：解决了因多个修饰占据同一位置而导致的库生成解析错误。

- 仪器读数修正：修正了 Astral 仪器的“Max Injection Time reached”误读取问题。

- 默认设置： MS2 稳定度对齐图的默认设置为绝对值。

- 修复内存泄漏： 修复了 Kuiper 中在非特异性搜索或 PTM 探测搜索中出现的内存泄漏问题。

- 修复应用挂起错误： 修复了尝试导入同时在其他应用程序中打开的面板时可能发生的应用挂起问题。

- 修复文件导入错误： 修复了从 `.xls` 文件导入面板时可能出现的潜在崩溃问题。

- 修复添加Precursor时的错误： 修复了在从谱图库生成虚拟面板时缺少Precurosor的问题。

这些改进使 SpectroDive的靶向功能更加全面，高效。我们期待您的反馈，继续推动 SpectroDive 的发展！