CRISPR单碱基编辑系统包含一个失活的Cas9(dead Cas9,dCas9)或仅可造成缺口的Cas9(Cas9 nickase,nCas9)和胞苷脱氨酶或腺嘌呤脱氨酶。胞嘧啶碱基编辑系统(cytidine base editors,CBEs)可将胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),尿嘧啶随后通过DNA复制或修复的方式转变为胸腺嘧啶(T)。类似地,腺嘌呤碱基编辑系统(adenine base editors,ABEs)可将腺嘌呤(A)转变为肌苷(I),然后转变为鸟嘌呤(G),从而实现A到G的转换。