采用稳定同位素标记定量的方法,能够精确的对蛋白表达水平进行定量分析。然而,标记定量的方法也存在某些不足之处:包括,额外的样品处理过程,昂贵的标记试剂,不完全标记导致样品复杂化,低丰度多肽难以检测,可标记样品数量有限等。作为替代,非标记定量技术(LFQ,label-free quantification)能够避免此类缺陷。LFQ定量通常可采用两种方式:(1)谱图计数法(Spectral counting),使用多肽被鉴定次数来代表对应多肽的相对含量,进而计算出对应蛋白的相对表达量;(2)母离子强度(precursor ion intensity),提取鉴定到的多肽在一级质谱(MS1)中的色谱峰面积代表其相对含量,然后计算出对应蛋白的相对表达量。和标记定量技术不同在于:标记定量样品预先混合并同时进行LC-MS/MS检测,而LFQ技术要求每个样品独立进行制备和LC-MS/MS检测,因此准确性和通量弱于标记定量技术。