安捷伦甲基化捕获测序介绍

    SureSelectXT甲基化靶向序列捕获平台(Methyl-Seq)是安捷伦公司推出的全面的甲基化发现系统。该平台为甲基化基因组区域研究提供了具有单碱基分辨率的高度可靠且高效的方法。现有目录化产品包括人、小鼠和大鼠甲基化测序设计。该产品相比常见的甲基化检测平台具有独到的优势。

• 通过检测单独的 CpG 可独具特色地提供比甲基化芯片更多的信息
  

• 相比全基因组重亚硫酸盐测序，可提高通量并降低成本

• 可发现限制性内切酶及免疫沉淀所不能检测的甲基化区域

安捷伦甲基化捕获测序技术参数

• 人：84 Mb 设计长度（覆盖 370 万 CpG位点）

• 小鼠：109Mb设计长度

• 大鼠：97Mb设计长度

优势

•   84 Mb 设计覆盖 370 万 CpG位点

•  不依赖于甲基化状态的探针
  

•  高灵敏度，分辨率可达到单个碱基
  

•  提高通量并降低成本
  

•  与现有甲基化方法相比，可降低偏差 (bias)

测序覆盖类型

• CpG岛

• GENCODE 启动子
  

• 癌症、组织特异性 DMR，或以下类型的调控序列

             CpG Islands, shores/shelves(± 4 kb)

             增强子

             Ensemble 调控区域

             DNase I 高敏感位点

安捷伦甲基化捕获测序实验流程

安捷伦甲基化捕获测序分析流程

安捷伦甲基化捕获测序结果展示

样本要求

• 样品类型：人、小鼠和大鼠；

• 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；RNA 应去除干净；

• 样品浓度：使用Qubit准确定量DNA浓度；

• 样品总量：每个样品DNA起始总量不少于1ug。

案例展示

      Derivation ofground-state female ES cells maintaining gamete-derived DNA methylation是安捷伦甲基化捕获测序的应用文献，2017年东京大学发表在Nature主刊杂志上有关胚胎模型研究的文章。研究使用了 Mek1/2 和 Gsk3β 抑制剂（2i）和白血病抑制因子（L）处理的 2i/L 胚胎干细胞（ES 细胞）发现会出现广泛的DNA甲基化缺失和胎盘发育受损，但是早期（P3）雌性2i/L ES 细胞以回复配子中的DNA甲基化状态并具有分化发育潜能。早期雌性2i/L ES 细胞可能成为研究胚胎早期发育的新平台。

    2i可促进动物中胚胎干细胞（ES cell）的分化和多样性分化。作者发现在经2i/L处理后的母系小鼠胚胎干细胞表现出全局DNA甲基化状态的缺失，包括许多印记基因的擦除。

      虽然全局DNA甲基化表现出缺失，但早期的2i/L ES cell还是会有效的分化到体细胞水平，而这个过程需要全基因组范围内的从头DNA甲基化。

      然而，大部分的印迹基因区域（ICR）在2i/L-ES-drived differentiated cells中仍然维持未被甲基化的状态。紧接着，通过四倍体胚胎补充或核移植，2i/L ES细胞表现出胚胎和胎盘发育受损。但最后作者发现雌性来源的早期2i/L ES细胞可以回复配子中的DNA甲基化状态并具有分化发育潜能。然而，经过长时间培养后，无论培养条件如何，雌性胚胎干细胞均表现出ICR的去甲基化。雌性来源P3时期的 2i/L ES 细胞可能成为研究胚胎早期发育的新平台。

      文献中作者甲基化研究的手段主要就包括安捷伦甲基化捕获测序和全基因组甲基化测序。比较伯豪的内测数据与本次文章中的捕获测序数据，在小鼠的捕获测序分析中，测序深度，捕获效率来看，伯豪与文献的数据不相上下。文献中每个样本20G的测序数据量，CG位点的平均深度在59~78之间，而伯豪最新的内测数据，同样的20G的测序数据量，CG位点的平均深度在60~90之间。

表观组-安捷伦甲基化捕获测序价格

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