表达谱芯片应用

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在 mRNA 水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中（如疾病、发育、分化、凋亡等）基因表达变化的全面信息。

伯豪优势

成熟的服务平台：稳定而系统的芯片实验全面解决方案，可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员：从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员，具有丰富的芯片实验操作经验，遵循严格的质控标准，层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队：实战经验丰富的分析团队，除能快速完成基础分析外，还能根据客户需求完成个性化分析，提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队：一对一服务，为您解决项目全过程中的各类问题，包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

Agilent 表达谱芯片

技术特点

基于非接触式喷点的寡核苷酸原位合成技术：此种方法可以随时修改芯片的设计，为客户提供最新的芯片和价格合理的定制服务。

全程质控：每个碱基的合成都由质量控制系统进行实时监测，消除碱基样点丢失及偏离现象。

高灵敏度：合成探针长达 60-mer，达到检测灵敏度与特异性的最佳平衡。

优化的探针设计：针对每个序列设计一个探针，有利于简化实验数据的处理。

样本要求

分析流程

案例展示

案例一

研究背景

肿瘤转移是肿瘤致死的主要原因之一。肿瘤的转移包括肿瘤细胞的侵袭、存活、沉降和定植等一系列过程。原发部位和远端转移位点的微环境是肿瘤细胞散播和定植的重要驱动力。原发部位肿瘤可以调动和招募骨髓来源的细胞形成转移前微环境，为肿瘤细胞转移至远端部位提供趋化因子、生长因子和黏附因子，进而加速肿瘤转移。因此识别肿瘤驯化细胞，明确其功能是揭示肿瘤发生和转移的关键问题。

研究思路

研究结果

本研究阐明了肿瘤驯化 B 细胞产生病理性抗体 IgG 介导的体液免疫在创造淋巴结转移前微环境形成及淋巴结转移中的重要功能。B 细胞产生的病理性抗体可以与肿瘤细胞膜表面糖基化的抗原 HSPA4 结合，调控相关基因的表达，激活下游的 NF-κ B 通路，进而促进淋巴结转移。其重要意义是发现了一个潜在的预后指标肿瘤抗原 HSPA4 及其病理性抗体 IgG，对乳腺癌病人的预测和治疗提供了新的靶点。

参考文献

Gu Yan, Liu Yanfang, Fu Li et al. Tumor-educated Bcells selectively promote breast cancer lymph node metastasis by HSPA4-targeting IgG.[J] .Nat. Med., 2019, 25: 312-322.

案例二

研究背景

骨关节炎（Osteoarthritis，OA) 是最常见的关节退行性疾病，具有很高的患病率和致残率。目前我国 OA 患者超过 1 亿，占全世界 OA 患者的 10% 以上，OA 已成为我国老年人群致残的主要疾病，给患者和社会都带来了沉重的负担。目前的研究认为 OA 的发展离不开软骨下骨的病变，但具体的致病机制仍不清楚。

研究结果

在 OA 模型小鼠中激活软骨下骨成骨前体细胞雷帕霉素靶蛋白复合物 1（mTORC1）通路，能够导致异常软骨下骨形成，软骨下骨硬化对关节软骨完整性几乎没有影响，但是会加速创伤后的小鼠 OA 的形成。相反，通过破坏 Raptor 抑制 mTORC1 通路，就可以减少软骨下骨形成和软骨退化，同时也减缓了轻创伤后小鼠 OA 的形成过程。进一步研究表明，mTORC1 的激活会促进软骨下骨成骨前体细胞的增殖和 CXCL12 的分泌，而 CXCL12 可以激活免疫抗体从而有效地减少软骨退化减轻小鼠 OA 病症。

参考文献

Lin Chuangxin, Liu Liangliang, Zeng Chun et al. Activation of mTORC1 in subchondral bone preosteoblasts promotes osteoarthritis by stimulating bone sclerosis and secretion of CXCL12.[J] .Bone Res, 2019, 7:5.

-END-

案例展示

案例一

多发性硬化(Multiplesclerosis，MS)是一种以中枢神经系统白质脱髓鞘和神经退行性变为主要病理特点的神经免疫性疾病和神经退行性疾病，是青壮年致残率最高的非创伤性神经疾病之一。课题组研究人员利用转录组芯片（课题相关服务由上海伯豪生物技术有限公司提供），结合分子生物学技术，发现了一个介导小胶质细胞特定极化的同源盒基因——MSX3。研究发现MSX3在多发性硬化模型小鼠病变过程中存在差异表达，并与小胶质细胞M2型极化同步。系列研究结果表明，MSX3作为激活小胶质细胞M2信号通路的重要环节，决定小胶质细胞M1-M2极化方向，可作为MS治疗的潜在靶点。

案例二

胸腺是T细胞发育成熟的关键中枢免疫器官，并可分泌多种胸腺激素及激素类物质。Foxn1是forkhead转录因子家族成员，过去的研究表明其在胸腺发育中起重要作用。在这篇文章中，研究人员利用全基因组表达谱分析在斑马鱼中证实Foxn1通过Mcm2在胸腺发育中起作用。研究人员在foxn1抑制（knockdown）胚胎中证实胸腺原基减少，T细胞发育受损。功能性和超显性研究表明mcm2和cdca7处于Foxn1下游，且在胸腺上皮细胞中mcm2是Foxn1的直接靶基因。研究人员证实foxn1和mcm2变体（morphant）中的胸腺缺陷有可能是因为细胞增殖减少而非凋亡所致。

常见问题

1.Agilent表达谱芯片的RNA起始量是多少？
Agilent芯片的一次实验的最低RNA起始量为200ng，RNA纯化后的建议起始量一般为400ng。

2.技术重复和生物学重复有啥区别？
使用同一个抽提的RNA重复进行芯片杂交称为技术重复。取重复点的平均值，由于平均值与组分本身相比变异较小， 所得到的表达评价更可靠。由于抽提具有可重复的特点， 与生物学重复相比， 技术重复的测量变异程度较小。生物学重复可以定义为使用来自不同抽提的RNA样本进行杂交，例如，同一来源独立制备的样本，或者不同来源的样本（不同的组织，或者一个细胞系的不同培养物）。对每一个RNA样本制备来说，只要抽提之后的步骤是独立进行的，那么分析测量就是独立的。

3.检出率是否有一个统一的标准？
关于芯片检出率的问题，应该说没有一个统一，也不应该有统一的标准，因为芯片只是工具，而实验得到的数据只是把样本里基因表达的信息以数据的形式反映出来，所以检出率是样品本身的属性，不是评价芯片实验质量的指标。

4.如何判断一个芯片结果的好坏？
对于单标记芯片，从芯片扫描图来看，主要看有无划痕，有无图象缺失等。其实判断芯片结果更主要的是从数据来看：（1）检出率是否异常；（2）相关系数（重复性）；（3）变异系数（CV值）；（4）与qPCR趋势的吻合程度；（5）技术重复中差异基因的重复程度等。

参考文献

[1]Yu Z,Sun D, Feng J, Tan W, Fang X, Zhao M, Zhao X, Pu Y, Huang A, Xiang Z, Cao L, HeC. MSX3 Switches Microglia Polarization and Protects from Inflammation-Induced Demyelination. J Neurosci. 2015 Apr 22; 35(16):6350-65.
[2]Ma D, Wang L, Wang S, Gao Y, Wei Y, Liu F. Foxn1 maintains thymic epithelial cells to support T-cell development via mcm2 in zebrafish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Dec 18;109(51):21040-5.

    Agilent公司为客户提供开放、灵活的微阵列实验完整技术平台体系，提供从芯片制作，样品提取，样品质量监测，样品标记，芯片杂交，芯片扫描到数据处理的全套解决方案。Agilent专利的喷墨打印化学原位合成技术、非接触式的探针合成技术保证了每一个基因探针样点的制作准确度，精度的高度均一化，极大地减少了芯片间的差异和实验误差。
    作为中国首家通过Agilent认证的技术服务供应商以及Agilent亚太地区zei佳服务供应商，上海伯豪生物技术有限公司（上海生物芯片有限公司全资子公司，生物芯片上海国家工程研究中心）为客户提供稳定而系统的Agilent芯片实验服务全面解决方案，可为客户提供e-array芯片定制、芯片杂交、洗涤、扫描和数据分析等服务。同时, 上海伯豪生物技术有限公司亦利用 Agilent GeneSpring GX分析软件，为客户提供相关生物信息学服务。
    关于Agilent的基因表达谱芯片服务。产品罗列如下：
（详情请参考本公司网站：www.ebioservice.com 或Agilent公司网站：http://www.chem.agilent.com/en-US/products/instruments/dnamicroarrays/pages/default.aspx）

人表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Whole Human Genome Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent 的人全基因组表达谱芯片汇总目前所了解的人类全基因组序列信息，代表了超过41,000人类基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名数据库的深入研究，并与人类基因组拼接进行比对。绝大多数探针经过 Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。

小鼠表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent 小鼠全基因组表达谱芯片真正代表小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过 41,174 个小鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等知名数据库的深入研究，而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。对研究者而言，这意味着他们可以方便地实现高质量的微阵列分析，用目前zei佳的结果获得未来的新发现。

大鼠表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent 大鼠全基因组表达谱芯片真正代表大鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过 41,012 个大鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Ensembl、Unigene 和GenBank等知名数据库的深入研究，而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。对研究者而言，这意味着他们可以方便地实现高质量的微阵列分析，用目前zei佳的结果获得未来的新发现。

猪表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Porcine Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent猪全基因组表达谱芯片代表了超过 42,034 个基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于RefSeq、Unigene和TIGR等知名数据库。对研究者而言，这意味着他们可以方便地实现高质量的微阵列分析，用目前zei佳的结果获得未来的新发现。

犬表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Dog Oligo Microarray (V2)（4×44K）
芯片介绍： Agilent 犬全基因组表达谱芯片（V2）所用的序列信息源于RefSeq、Unigene、Ensembl和 TIGR 等知名数据库的zei新数据，代表了超过 42,034 个狗基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。

马表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Horse Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent 马（Equus caballus）全基因组表达谱芯片代表了超过 42,034 个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、UCSC和Ensembl 等知名数据库的zei新数据。

兔表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Rabbit Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent兔全基因组表达谱芯片代表了数万个个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、Ensembl和Unigene等知名数据库的zei新数据。

羊表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Sheep Oligo Microarray（8×15K）
芯片介绍： Agilent绵羊全基因组表达谱芯片代表了超过15,200个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq和Unigene数据库。

恒河猴表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Rhesus Monkey Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： 恒河猴（Macaca mulatta）是用于研究诸如免疫缺陷性病毒和流感之类重大人类疾病的通用灵长类模式生物。Agilent恒河猴全基因组表达谱芯片代表了超过18,000个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于GenBank和 TIGR数据库。

非洲爪蟾表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Frog Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent的非洲爪蟾全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于TIGR和Unigene 数据库，代表了超过21,495个基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在生殖，发育和药物研究诸多领域获得新发现。

三文鱼表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Salmon Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent三文鱼全基因组表达谱芯片代表了超过42,034个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、TIGR和Unigene等知名数据库的zei新数据。


斑马鱼表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Zebrafish Oligo Microarray (V2)（4×44K）
芯片介绍： 斑马鱼(Danio rerio)是用于研究脊椎动物发育和遗传的重要模式生物。Agilent的斑马鱼全基因组表达谱芯片代表了超过43,000个斑马鱼基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、Ensembl、 Unigene、UCSC和TIGR等知名数据库。

果蝇表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Drosophila Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： 果蝇是用于发育生物学和分子遗传学研究的zei佳模式生物之一。Agilent果蝇全基因组表达谱芯片代表了超过13,936个果蝇基因和转录本，所用的序列信息来自于FlyBase、BDGP、Ensembl、UCSC、TIGR和Unigene 等知名数据库的zei新数据。


线虫表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent C. elegans Oligo Microarray (V2)（4×44K）
芯片介绍： Agilent线虫全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于 RefSeq、WormBase、UCSC、TIGR和Unigene 等知名数据库，代表了数万个基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在诸多领域获得新发现。

疟蚊表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Mosquito Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍： Agilent 疟蚊（Anopheles gambiae）全基因组表达谱芯片代表了超过 26,000 个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、UCSC、Ensembl和Unigene 等知名数据库的zei新数据。

油菜表达谱芯片服务（NEW！）
芯片名称：Agilent Brassica Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：该款芯片包含43,803 条探针，序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。

棉花表达谱芯片服务（NEW！）
芯片名称：Agilent Cotton Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：该款芯片包含43,803 条探针，序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。

苜蓿表达谱芯片服务（NEW！）
芯片名称：Agilent Medicago Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：该款芯片包含43,803 条探针，序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。

水稻表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Rice Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：水稻是世界上zei重要的粮食作物之一，同时也是植物研究的重要模型。Agilent水稻全基因组表达谱芯片将使科学家能同时研究与生物功能、生长过程、生物性和非生物应抗逆反应等相关的数万个水稻基因。这一的探针设计源自安捷伦和日本国家农业生物科学研究所的成功合作，代表了超过40,000 个水稻基因和转录本，所有注解都可以在RAP-DB数据库进行查询。

拟南芥表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Arabidopsis Oligo Microarray (V4)（4×44K）
芯片介绍：Agilent 拟南芥全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于 RefSeq、TAIR、TIGR和Unigene 等知名数据库，代表了超过 42,000个拟南芥基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在植物器官功能和发育、生长过程、生物性和非生物应抗逆反应等诸多领域获得新发现。

大麦表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Barley Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent zei新推出的大麦全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBase、RefSeq、Unigene、Ensembl、UCSC和 TIGR 等知名数据库，代表了超过 43,000 个大麦基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。

小麦表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Wheat Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent zei新推出的小麦全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBase、RefSeq、Unigene和 TIGR 等知名数据库，代表了超过 42,000 个基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。

西红柿表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Tomato Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent zei新推出的西红柿全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBase、 RefSeq、Unigene和 TIGR 等知名数据库，代表了超过 42,000 个基因和转录本。对研究者而言，这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析，在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。


烟草表达谱芯片服务
芯片名称：Agilent Tobacco Oligo Microarray（4×44K）
芯片介绍：Agilent烟草全基因组表达谱芯片代表了超过42,034个基因和转录本，可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeq、TIGR和Unigene等知名数据库。

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平台服务-转录组-Agilent表达谱芯片价格

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