乳酸化蛋白质组样本量少还能做吗？

※乳酸化修饰分析服务

百泰派克生物科技可提供蛋白质乳酸化修饰质谱分析，通过质谱获得乳酸化修饰位点及相关定量信息，可用于乳酸化修饰位点鉴定及不同条件下的变化分析。

※有限样本涉及的实验环节

乳酸化修饰分析涉及蛋白质提取、蛋白消化、乳酸化肽富集、液相色谱分离和质谱分析。修饰肽可采用抗体富集或特异固相萃取等方式进行富集。对于样本材料有限的项目，原始样本量只是实验起点，进入质谱前还要经历蛋白和肽段层面的多步处理。

※FAQ

1、样品已经提取成蛋白溶液，还需要看原始样本量吗？

已经获得蛋白提取液后，判断重点应转向当前实际可用的蛋白材料。原始样品体积或质量可以作为前期记录，但不能直接代表后续酶解和修饰肽富集可使用的材料量。

2、总蛋白量充足就说明乳酸化肽一定够吗？

不能直接等同。乳酸化修饰肽只占总肽段的一部分，后续还需要从复杂肽段体系中进行富集。总蛋白量反映的是富集前的材料基础，并不直接代表最终可以获得多少乳酸化肽证据。

3、某个生物学重复样本不足，可以和其他重复混在一起吗？

混合不同生物学个体会改变原有实验设计。若研究需要进行组间比较，混样后将无法继续评价这些个体之间的生物学变异，应先判断独立重复是否需要保留，再决定样本处理方式。

4、只做乳酸化位点鉴定和做组间定量，对有限样本的判断一样吗？

不完全一样。位点鉴定更关注能否获得足够的修饰肽证据，而组间定量还要求各实验组和生物学重复具有可比较的输入和处理基础。研究终点不同，有限材料所带来的限制也不同。

※对于现有样本材料有限、计划开展乳酸化蛋白组分析的项目，是否适合进入检测，需要从可获得蛋白量、修饰肽富集和研究终点三个层面判断：

“样本量少”本身不能直接回答能不能做。乳酸化修饰分析不是把原始样本直接送入质谱，而是先获得蛋白，经酶解形成肽段，再对乳酸化肽进行富集并开展质谱分析。原始样品体积或质量只是起点，真正限制后续分析的是能够进入酶解和富集环节的有效蛋白材料。

图1. 乳酸化蛋白组分析中样本材料从原始样本到修饰肽的逐级转换

一、先把样本少换成可用蛋白量来判断

1、原始样本量不能直接等同于可分析材料量

乳酸化蛋白组分析的前端是蛋白质提取。原始材料较少时，应先确认能够获得多少可用蛋白，而不是单独根据样品体积或质量判断。若已经获得蛋白提取液，则现有蛋白材料比原始样本量更接近后续实验所需的判断依据。不同样本的蛋白含量和提取回收情况可能不同，原始样本量相近，进入酶解阶段的实际蛋白量也可能不同。

2、总蛋白还要经过酶解和乳酸化肽富集

总蛋白充足也不能直接等同于乳酸化肽充足，因为质谱最终分析的是富集后的修饰肽段。

(1) 酶解后的肽段池决定富集起点

蛋白经酶解后形成复杂肽段混合物。前端可用蛋白越有限，可供后续筛选乳酸化肽的肽段池也越受限制，低丰度修饰肽在后续分析中更容易未被鉴定。

(2) 富集进一步缩小进入质谱的材料范围

乳酸化肽只是总肽段中的一部分。富集能够提高目标修饰肽在复杂背景中的相对占比，但最终进入质谱的是经过选择后的肽段群体，所以有限样本项目不能只看总蛋白量。

二、再看研究目的是位点鉴定还是组间比较

1、位点鉴定更关注能否获得足够修饰肽证据

如果研究目的主要是筛查乳酸化修饰位点，材料不足首先影响的是可获得的修饰肽数量和覆盖深度。未鉴定到某个位点不能直接解释为该位点不存在，也可能与修饰肽丰度、肽段特性及质谱采集覆盖有关。

2、组间定量还要求各样本具有可比的输入基础

如果项目需要比较不同处理组的乳酸化变化，每个样本都要形成独立的定量信息。此时个别重复材料不足，比整批样本材料均偏少更容易造成组间输入不平衡。

(1) 各重复材料情况接近

可在不改变实验分组的前提下，判断各样本能否按照一致的前处理和富集条件完成预定比较。

(2) 个别重复明显不足

不宜为了补足材料直接混合不同生物学个体，因为混样会改变原有重复结构，后续无法再评价相应个体间变异。

图2. 乳酸化位点鉴定与组间定量对有限样本的判断重点

三、有限样本应优先保证主要研究任务

1、同一份有限材料不宜承担过多并行分析

样本不可重复获取时，应先明确项目主要解决的是乳酸化位点鉴定、组间定量变化，还是为后续候选蛋白研究提供筛选依据。不同目标对数据覆盖和重复设计的要求不同。

2、送检前应把样本量落实到每个独立样本

真正需要确认的不是整组样本总共有多少，而是每个独立样本目前的材料状态、可获得蛋白情况以及是否还要分配给其他实验。这样才能判断有限材料是否还能保留原有的生物学重复和预定比较关系。

乳酸化蛋白组样本量少不能直接判定无法开展分析，也不能仅凭原始样品体积或质量判断“可以做”。更合适的判断顺序是先确认可用蛋白，再考虑乳酸化肽富集后的材料基础，最后结合位点鉴定或组间定量目标判断现有样本是否适合进入项目。百泰派克生物科技可提供蛋白质乳酸化修饰质谱分析，服务包括样品处理、质谱分析、数据分析和项目报告。如现有样本材料有限，可结合现有蛋白情况、样本分组和拟解决的研究问题进一步沟通项目需求。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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