靶蛋白翻译后修饰质谱的筛查范围

※服务内容

百泰派克生物科技可提供蛋白质翻译后修饰质谱鉴定分析，涉及磷酸化、糖基化、泛素化、乙酰化、甲基化、二硫键、亚硝基化等修饰类型，并可获得翻译后修饰位点相关信息。对于已经获得目标蛋白、希望进一步分析其翻译后修饰的研究，可结合目标蛋白状态、已有修饰线索及研究目的确定相应的质谱分析内容。

※技术原理与分析路线

翻译后修饰质谱分析通常先将蛋白酶切为肽段，再利用质谱获得肽段分子质量及MS/MS碎片信息。蛋白发生修饰后，相应肽段会产生特定质量变化，可结合肽段序列、质量差异及二级质谱信息对修饰形式和修饰位点进行分析。

※分析内容与结果信息

分析结果可涉及翻译后修饰位点信息及相关生物信息学分析。技术报告包括实验步骤、质谱参数、翻译后修饰位点信息、原始数据及生物信息学分析结果，可用于后续结合目标蛋白序列和研究背景评价修饰证据。

※项目流程

百泰派克生物科技可承接样品处理、上机分析、数据分析及项目报告等环节。针对靶蛋白翻译后修饰研究，项目设计需先明确已有修饰线索、希望关注的修饰类型及目标蛋白信息，再据此确定相应分析范围。

※对于已获得靶蛋白并计划开展翻译后修饰质谱分析的项目，不同研究目标对应的分析重点并不相同，具体可参考以下筛查与证据判断要点：

靶蛋白翻译后修饰质谱通过分析目标蛋白酶切肽段的质量变化及MS/MS碎片信息，获得修饰肽段及修饰位点层面的质谱证据。对于已获得目标蛋白且需进一步解析修饰类型或修饰位置的研究，质谱分析可提供相应的肽段与位点证据。

靶蛋白翻译后修饰的质谱筛查范围受目标蛋白序列覆盖、修饰肽段丰度、样本背景及数据检索设置等因素影响。未知修饰筛查与已知修饰确认在检索范围、分析重点和证据要求上存在差异，具体分析策略应结合已有修饰信息、目标蛋白状态及研究任务确定。

一、常规质谱分析可覆盖哪些修饰

1、磷酸化乙酰化甲基化等可纳入修饰检索

蛋白发生翻译后修饰后，相应肽段会产生特定质量变化。LC-MS/MS分析可根据前体离子质量、肽段序列及碎片离子信息，对磷酸化、乙酰化、甲基化以及部分其他酰化修饰进行检索。谱图中存在能够区分候选位置的特征碎片时，还可进一步判断修饰位于哪个氨基酸残基。

质谱结果中的“检出修饰”应建立在修饰肽段和碎片证据基础上。仅发现质量变化，或仅在数据库检索中获得候选匹配，并不足以替代修饰位点证据评价。

2、糖基化泛素化等通常需要专项分析设计

糖基化和泛素化也属于质谱可研究的翻译后修饰，但分析逻辑与普通可变修饰检索存在差异。糖基化涉及糖链组成、糖肽序列及修饰位点等多层信息；泛素化位点分析则需要结合蛋白酶切后形成的特征性残基证据。

如果研究目标已经明确为糖基化、泛素化或其他具有特殊化学性质的修饰，更适合针对目标修饰设计前处理、富集和数据分析条件。将大量性质差异明显的修饰同时加入常规搜索，并不能获得等同的筛查深度。

图1

二、质谱筛查范围受哪些因素影响

1、蛋白序列覆盖决定可评价的修饰区域

靶蛋白翻译后修饰质谱建立在实际检测到的肽段基础上。蛋白酶切后，如果某段序列没有形成适合质谱分析的肽段，或相应肽段未获得有效MS/MS信号，该区域上的潜在修饰也缺少直接判断依据。

评价筛查范围时，需要同时查看蛋白序列覆盖、修饰肽段所在位置及位点定位证据。某一修饰未检出，只能说明当前样本和分析条件下尚未获得相应质谱证据，不能据此排除目标蛋白存在该修饰的可能。

2、修饰丰度与样本背景影响修饰肽段检出

同一蛋白中的修饰形式与未修饰形式可能同时存在。修饰占比较低时，相应肽段的质谱信号容易受到高丰度未修饰肽段或背景蛋白影响。免疫沉淀产物、蛋白复合物样本以及纯度有限的目标蛋白样本，还需要考虑共纯化蛋白带来的谱图竞争。

样本状态会直接影响分析方案。目标蛋白含量有限或背景复杂时，可根据目标修饰的性质评估是否需要进一步纯化、修饰肽段富集或调整质谱采集策略，而不能仅通过扩大数据库检索范围弥补样本层面的限制。

三、筛查方式应与修饰研究目标对应

图2

1、未知修饰筛查用于建立候选修饰线索

缺少明确修饰类型信息时，可扩大可变修饰范围，或采用开放式质量差异搜索，对目标蛋白上的异常质量变化进行初步筛查。此类分析能够提供候选修饰方向，但质量偏移可能对应不同化学变化，也可能受到样本处理过程中形成的非生物学变化影响。

候选结果需要进一步结合肽段序列、MS/MS碎片、修饰发生位置及蛋白生物学背景评价。对于研究重点明确的候选修饰，可再采用更有针对性的分析策略补充证据。

2、已知修饰或候选位点更适合定向确认

已有功能实验、突变位点信息或其他实验结果提示特定翻译后修饰时，质谱分析可以直接围绕目标修饰和候选残基展开。数据评价重点相应转向目标肽段是否被覆盖、修饰形式是否检出以及MS/MS碎片能否支持位点定位。

已知修饰或候选位点确认更强调目标证据的针对性，而不是扩大修饰种类的覆盖范围。根据已有修饰信息设置检索条件和分析范围，有助于获得与目标位点直接相关的质谱证据，并为后续功能验证提供依据。

靶蛋白翻译后修饰质谱的结果解读应与前期设定的筛查目标保持一致。未知修饰筛查更关注候选修饰的发现范围，特定修饰或候选位点研究则更关注目标肽段及修饰位点是否获得充分的质谱证据。对于未检出的修饰，还需结合蛋白序列覆盖、修饰肽段丰度及分析条件判断证据是否充分，避免仅依据单次未检出结果排除相关修饰的存在可能。

百泰派克生物科技可提供靶蛋白翻译后修饰质谱相关检测与分析服务，并根据未知修饰筛查、特定修饰鉴定或候选位点确认等研究需求制定相应方案。如需进一步评估筛查范围及后续鉴定策略，可与我们沟通具体情况。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

靶蛋白翻译后修饰质谱的筛查范围信息由北京百泰派克生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于靶蛋白翻译后修饰质谱的筛查范围报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。