蛋白质测序服务有哪些适合疑难样本

蛋白质测序服务并不只对应一种检测路线。对于常规纯化蛋白，LC-MS/MS蛋白鉴定通常可以完成蛋白身份确认；但在疑难样本中，问题往往更加复杂，例如目标蛋白丰度偏低、样本存在降解、背景蛋白较多、数据库注释不足，或研究对象本身包含未知序列、突变区域、末端加工和翻译后修饰。此时，检测方案需要从“能否检测”进一步转向“哪种路线更适合解释问题”。

在实际项目中，疑难样本蛋白测序的关键不只是选择检测平台，而是判断样本状态、数据库条件和研究目的之间是否匹配。蛋白质测序服务可根据不同问题组合LC-MS/MS蛋白鉴定、蛋白从头测序、N端测序、C端测序、修饰分析及蛋白组学质谱检测，使结果更接近真实科研问题，而不是停留在单一检索结果层面。

图1

一、疑难样本蛋白测序的方案判断依据

1、样本质量决定检测起点

(1) 低丰度或背景复杂样本

低丰度蛋白、免疫沉淀产物、胶条样本和复杂组织提取物中，目标蛋白信号可能受到背景蛋白影响。此类样本可优先考虑LC-MS/MS蛋白鉴定，通过肽段匹配、蛋白注释和谱图证据判断目标蛋白是否能够被可靠检出，再决定是否进入从头测序或结构验证环节。

(2) 降解或片段化样本

部分蛋白样本在保存、运输、裂解或纯化过程中可能发生不同程度的降解，导致完整序列覆盖不足。此类样本需要关注肽段分布是否集中、覆盖区域是否符合研究目的，以及检测结果是否能够支持目标蛋白身份或结构判断。

(3) 体系兼容性不足样本

含盐、去污剂、甘油、还原剂或其他添加成分的样本，可能影响酶解、肽段回收和质谱响应。送检前应结合检测目标评估是否需要除盐、换液、胶内酶解或其他前处理优化，避免样本体系问题影响后续数据解释。

2、数据库条件影响结果解释

(1) 数据库完整样本

对于模式生物、常见表达体系或理论序列明确的样本，LC-MS/MS数据库检索可作为基础路线，用于确认蛋白身份、肽段覆盖、物种来源和注释可靠性。

(2) 数据库不足样本

非模式物种、天然来源蛋白或注释不充分的样本，可能出现匹配肽段较少、同源蛋白难以区分或结果解释不完整等情况。此时可结合蛋白从头测序和同源比对，为未知肽段或保守区域提供辅助证据。

(3) 理论序列偏离样本

重组蛋白、融合蛋白、突变体和工程化蛋白需要关注实际检测序列与设计序列是否一致。方案设计应围绕目标区域覆盖、突变位点确认、末端边界判断和异常肽段解释展开。

3、研究目标决定技术组合

(1) 蛋白身份确认

当研究目标是确认胶条、纯化产物或沉淀样本中的主要蛋白成分时，LC-MS/MS蛋白鉴定可作为优先路线，用于建立蛋白身份和肽段证据基础。

(2) 未知序列解析

当目标蛋白来源不明确、数据库检索结果不足或存在潜在未知序列时，蛋白从头测序可提供不完全依赖数据库的候选肽段信息，并与检索结果联合分析。

(3) 特定结构验证

当研究重点为N端、C端、剪切形式、加工位点或翻译后修饰时，常规蛋白鉴定只能提供部分信息，需要进一步选择末端测序、位点分析或修饰蛋白质组学检测路线。

二、蛋白质测序服务适合哪些疑难样本路线

1、LC-MS/MS蛋白鉴定用于基础确认

(1) 适用场景

LC-MS/MS蛋白鉴定适用于胶条、蛋白溶液、纯化蛋白、免疫沉淀样本和部分复杂背景样本。对于疑难样本，该方法可作为前置判断路线，用于确认样本中是否存在目标蛋白或主要干扰蛋白。

(2) 检测价值

检测结果可提供蛋白匹配、肽段证据、序列覆盖区域、物种注释和置信度信息，有助于判断后续是否需要补充从头测序、末端测序或修饰分析。

(3) 决策作用

LC-MS/MS蛋白鉴定更适合回答“样本中能否检出目标蛋白”以及“当前证据是否支持蛋白身份确认”，不宜直接替代所有序列完整性和结构细节验证。

2、蛋白从头测序用于未知序列解析

(1) 适用场景

蛋白从头测序适用于数据库不完整、物种来源不明确、常规检索结果不足、疑似突变区域或未知天然肽段分析等样本。

(2) 检测价值

该方法可基于MS/MS碎片离子信息推导候选肽段序列，再结合数据库检索、同源比对或理论序列进行综合解释，有助于扩展常规数据库检索的分析范围。

(3) 决策作用

从头测序更适合作为疑难样本的补充解析工具。对于证据不足的结果，应结合谱图质量、离子连续性和多来源信息判断，不宜将单一候选序列直接作为最终结论。

3、末端测序与修饰分析用于结构验证

(1) N端测序

N端测序适用于起始位点、信号肽切除、成熟肽形成、N端封闭状态和加工形式分析，可用于重组蛋白、天然蛋白或表达产物的结构确认。

(2) C端测序

C端测序适用于C端截短、加工、剪切和末端一致性判断，适合需要确认蛋白完整性、结构边界或表达产物一致性的研究场景。

(3) 翻译后修饰分析

当样本涉及磷酸化、乙酰化、糖基化、泛素化或其他翻译后修饰时，蛋白质测序服务需要结合修饰富集、特异性数据库检索和位点定位分析，避免仅通过常规鉴定结果推断修饰状态。

三、疑难样本送检前如何提高方案匹配度？

1、送检信息影响方案设计

(1) 样本来源

样本来源、物种信息、表达体系、纯化方式、保存条件和缓冲液组成会影响检测路线选择。信息越完整，越有利于判断样本是否适合直接检测或需要前处理调整。

(2) 检测目标

蛋白身份确认、未知序列解析、突变验证、末端分析和修饰定位对应不同技术路线。送检前应明确核心问题，避免用常规蛋白鉴定承担不适合其解决的结构验证任务。

(3) 样本风险

对于样本量有限、条带偏弱、蛋白易降解或背景复杂的样本，可先进行可行性评估，再决定是否采用LC-MS/MS鉴定联合从头测序、末端测序或修饰分析。

2、检测过程需要关注数据证据链

(1) 样本层面证据

样本浓度、纯度、条带清晰度、杂质残留和体系兼容性会影响后续检测质量。对于疑难样本，前处理记录应与检测结果共同分析，避免将样本问题误判为数据分析问题。

(2) 质谱层面证据

质谱数据应关注肽段质量、谱图支持、覆盖区域、重复证据和数据库匹配逻辑。疑难样本不宜只依据单一指标判断结果可靠性。

(3) 解释层面证据

结果报告需要区分可靠检出、部分支持和需要补充验证的情况。对于未知序列、末端结构或修饰位点，应结合检测证据与研究目的判断结论边界。

3、服务方案需要围绕问题组合

(1) 常规确认型样本

目标明确、数据库完整、样本纯度较高的样本，可优先选择LC-MS/MS蛋白鉴定服务，用于确认蛋白身份和基础肽段覆盖情况。

(2) 疑难解析型样本

未知蛋白、非模式物种、匹配结果不足或疑似突变蛋白，可考虑LC-MS/MS蛋白鉴定联合蛋白从头测序，以提高对未知肽段和异常区域的解释能力。

(3) 结构验证型样本

需要确认N端、C端、剪切形式或翻译后修饰的样本，应选择末端测序、特定位点分析或修饰蛋白质组学检测路线，使检测方案与具体结构问题对应。

图2

蛋白质测序服务是否适合疑难样本，取决于样本质量、数据库支持程度和研究目标之间的匹配关系。对于常规检索难以解释的样本，单一检测路线可能只能回答部分问题，而联合LC-MS/MS蛋白鉴定、蛋白从头测序、末端测序和修饰分析，更有利于建立完整的数据证据链。如需进行疑难样本蛋白测序、未知蛋白鉴定、蛋白从头测序或LC-MS/MS蛋白鉴定，可提供样本类型、物种来源、缓冲液成分、已有检测结果和研究目标。百泰派克生物科技可根据样本特点提供蛋白质测序服务技术咨询、样本可行性评估和检测方案支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

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