计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design)是以量子力学和分子力学的分子模拟理论为基础,通过模拟、计算或模型学习,预测药物与靶标分子之间的作用,筛选、设计和优化先导化合物的方法。 1. 基于结构的药物设计(Structure-based Drug Design, SBDD) a) 分子对接(Molecular Docking) b) 从头设计(de novo) c) 药效团模型(pharmacophore) 2. 蛋白结构的同源模建(Homology Modeling) 3. 动力学模拟(Molecular Dynamics) 4. 基于配基的药物设计(Fragment-based Drug Design, FBDD) a) 定量构效关系分析(QSAR) b) 机器学习模型(Machine Learning) c) 构象分析(Conformational Analysis) 5. 先导化合物优化(Lead Optimization) a) 骨架跃迁(Scaffold Hopping) b) 生物电子等排体(Bioisostere) c) 分子相似性分析(Molecular Similarity Analysis) d) 成药性分析(Drug Profiler) 理化性质(Physical and Chemical Properties) ADME性质(ADME Property) 安全性(Safety Profiler) 6. 多靶标药物设计(Multi-target Drug Design)