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构建基因的ceRNA调控网络——CeRNA Network
分别对miRNA与mRNA、miRNA与lncRNA进行靶向预测,并根据表达趋势取负相关。根据结果找出具有mRNA-miRNA-lncRNA关系的mRNA/lncRNA对。计算差异基因和差异lncRNA间的共表达关系,挑选出互为正相关的基因与lncRNA。根据上述分析结果,选出存在于mRNA-miRNA-lncRNA关系中,并互为正相关的mRNA/lncRNA对。这对mRNA/lncRNA即可能互为ceRNA,再通过MREs的数量和结合分值评估ceRNA的竞争能力。结果样式如下:
文章案例:为了研究晚期喉癌组织中lncRNA和mRNA的异常表达,我们利用lncRNA和mRNA整合芯片筛选了9对原发性IVA期喉癌组织和癌旁组织的lncRNA和mRNA表达谱,发现1459个差异表达的lncRNAs和2381个差异表达的mRNA,其中包括846个上调的lncRNAs和613个下调的lncRNAs,1542个上调的mRNAs和839个下调的mRNAs。对差异lncRNA和mRNA进行共表达分析,加上生信预测miRNA-mRNA及lncRNA-miRNA关系,最后构建出ceRNA网络,筛选核心lncRNA-miRNA-mRNA。后期采用qRT-PCR方法进一步验证。这项工作证实了lncRNAs和mRNAs是晚期喉癌的潜在生物标志物,可用于未来的进一步研究。(芯片检测+数据分析由中康博提供)
参考文献: Ling Feng et al. Integrated Analysis of Long Noncoding RNA and mRNA Expression Profile in Advanced Laryngeal Squamous Cell Carcinoma. Plos one. 2016.
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