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信号通路作用网络——Pathway Network
根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系,构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络,确定显著性Pathway主要的分布(比如免疫、肿瘤等等)利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway群及其所属的靶基因。
文章案例研究确定了一种新型转录因子(Activating Transcription Factor 3),发现它能防止心脏重塑发展。构建WT或ATF3KO小鼠,从中各自分离成纤维细胞,并进行转录组测序,通路富集分析发现ATF3参与调控众多通路。为进一步筛选出核心通路,研究构建通路网络图(Pathway Network)发现下游效应性通路MAPK signaling pathway。(转录组测序+数据分析由中康博提供)参考文献:Yulin Li et al. Cardiac Fibroblast-Specific Activating Transcription Factor 3 Protects Against Heart Failure by Suppressing MAP2K3-p38 Signaling. Circulation. 2017.
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