- 「青莲百奥」蛋白组学FAQ:label-free分析的优点是什么?
蛋白质非标记定量技术( Label-Free )是无需使用同位素标签的,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。Label-Free的技术优势就在于蛋白质不需要进行标记,所需样品总量少,耗费低。无样本数量限制,但是建议多次(三次以上)重复
- 「青莲百奥」蛋白组学FAQ:SDS-PAGE的原理是什么
SDS-聚丙烯酰胺胶电泳,是在聚丙烯酰胺凝胶系统中引进SDS,SDS能断裂分子内和分子间氢键,破坏蛋白质的二级和三级结构,强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,蛋白质在一定浓度的含有强还原剂的SDS溶液中,与SDS分子按比例结合,形成带负电荷的SDS-蛋白质复合物,这种复合物由于结合大量的SDS,使蛋白质丧失了原有的电荷状态形成仅保持原有分子大小为特征的负离子团块,从而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于SDS与蛋白质的结合是按重量成比例的,
- 「青莲百奥」蛋白组学FAQ:蛋白组学的定义?
蛋白质组(Proteome)一词源于蛋白质(protein)与 基因组(genome)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组与转录组有许多相似之处,也具有时空特异性,会随着环境、组织或个体的改变而改变。
- 「青莲百奥」质谱分析与蛋白质组学研究
质谱分析法是蛋白质研究领域和生物大分子研究领域中重要的分析技术。质谱仪不仅能够检测蛋白质多肽的分子量和氨基酸序列,还能发现蛋白质的结合位点以及翻译后修饰情况。近20年以来,对蛋白质组学的分析大大推动了质谱检测技术的发展。各种技术进步已经使质谱仪在准确度、分辨力、敏感度、定量分析能力等各方面都有了长足的进展,相应的,蛋白质组质谱检测策略方面也有了新突破。总体来说,质谱仪的性能包括分辨率、敏感度或探测极限和准确性等,这些性能都与质谱仪的类型、采用的离子化方法和
- 「青莲百奥干货」蛋白注释利器Uniprot的玩法!
近日有粉丝向小编求生信科普文章,怎奈我们生信团队过于忙碌,无暇安排,小编为了满足粉丝要求也是无所不用其极,生信大师兄终于被我的良(ku)苦(kou)用(po)心而感动,加班赶制这篇Uniprot数据库的应用文章,快来一起学习吧!Uniprot(https://www.uniprot.org/)是信息丰富、资源广的蛋白质序列数据库,整合Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大数据库的数据而成。怎样用uniprot对需要的蛋白进行注释呢?那我们就用
- 「青莲百奥聚焦」被忽视的尿液蛋白原来有着巨大作用?
随着全球人口老龄化进程的加剧,高龄老人比重越来越大,2型糖尿病(T2DM)和老年痴呆症的发病率也越来越高,已逐渐成为残害老年人健康的“元凶”之一。越来越多的流行病学数据表明DM与血管性痴呆(VD)相关,可将痴呆症的风险增加2至3倍,甚至被认为是导致老年痴呆的主要因素。尿液与常用于检测标志物的血液相比,它可以无创,大量的获取,并且由于不受稳态的调节,可以容纳并积累更多,更大的变化。且与通过侵入性手术获得的脑脊液相比更方便。然而,迄今为止,由于大脑与尿路之间的
- 「青莲百奥聚焦」单细胞蛋白组定量技术进展!
在过去的几年里,单细胞分子方法,如RNAseq (sc-RNAseq)已经彻底改变了我们对分子细胞生物学的理解。单细胞分辨率已被证明是极其重要的,特别是在癌症生物学,我们都知道肿瘤由多种不同的细胞类型组成,并且每种细胞都有不同的功能,他们相互协同作用。类似地在哺乳动物器官中,如造血系统是各种细胞类型的复合体,不同细胞复杂的相互作用决定了健康或疾病状态。虽然sc-RNAseq方法提供了大量生物系统中RNA景观的信息,并具有很高的临床相关性,但它们的读书并不能
- 「青莲聚焦」精准药物表征,助力新药研发!生物药表征之二
排阻色谱法(Size Exclusion Chromatography,SEC)又称尺寸排阻色谱法、分子排阻色谱法、凝胶排阻色谱法、空间排阻色谱法,是液相色谱的一种主要分离模式。主要用于分离大分子,从而实现高聚物的相对分子质量分级分析以及相对分子质量分布测试,还可分离油溶性和水溶性物质。目前,SEC技术正被越来越多的应用于天然聚合物、合成聚合物和蛋白质的分离与表征,生物药的纯度是生产质控的重要指标之一。仪器构造HPLC-SEC系统主要由溶剂输送系统、进样系
- 「青莲钜惠」买DIA蛋白组送代谢组学+关联分析
1棒——购DIA定量蛋白质组学——免费送非靶向代谢组学免费送关联分析促销时间:即日起——11月1日注:1.需在活动期内签订合同,12月31日前启动项目;2.项目样本起始量为30例DIA定量蛋白质组学DIA技术(data-independent acquisition,数据非依赖采集)融合了传统蛋白质组shotgun的高通量和质谱定量金标准PRM的定量的优点,被Nature Methods杂志评为2015年值得关注的技术。技术优势1. 稳定性好:与传统的DD
- 「青莲聚焦」转录组+蛋白组联合分析高分文章集锦来啦!
由于转录后调控以及翻译后调控的存在,mRNA的表达水平并不能代表蛋白的表达水平,事实上研究表明两者通常较好的相关性也只有约百分之50左右。因此更多的研究者期望通过两者联合分析得到更多方面的生命信息。小编给大家整理了几篇高分文献,看看转录组+蛋白组联合分析都有哪些“套路”可循~研究方向多组学图谱构建 01案例一:Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome发表期刊:Cell(IF
- 「青莲聚焦」DIA蛋白组+非靶代谢组+联合分析助您领跑新学期
随着技术的快速发展,使用多组学数据联合来解析动植物和人类遗传科学问题已成为趋势,同时为科研发展提供了新机遇。为了推动多组学联合新方法发展,贴合广大研究生与青年教师的科研需求,青莲百奥从即日起至11月1日提供购买蛋白组学赠送代谢组学+联合分析的活动,满足广大科研工作者多层次组学的需求。PART.1文章一浙江中医药大学孙秋华教授发表题为“Multi-omics Analysis at Serum Proteomic and Metabolomic Levels
- 「青莲聚焦」修饰蛋白组学之富“甲”一方
「青莲聚焦」修饰蛋白组学之富“甲”一方 蛋白质的甲基化(Methylation)是指将甲基在酶的作用下转移到蛋白质的某个残基上,通常是赖氨酸或精氨酸,也包括组氨酸、半胱氨酸和天冬酰胺等。赖氨酸侧链上ϵ-氨基上有三个氢可以被替换为甲基,因而赖氨酸上可以有单甲基化、双甲基化和基化3种不同的修饰;而精氨酸有两个可以被甲基修饰的氨基基团,因此γ-氨基精氨酸上可以有单甲基化、对称双甲基化和不对称双甲基化3种修饰,其
- 「青莲客户文献」宏蛋白组组学技术用于脲酶蛋白多样性研究
「青莲客户文献」宏蛋白组组学技术用于脲酶蛋白多样性研究 2020年9月18号, 来自华中农业大学和中国农业科学院动物研究所动物营养重要实验室的团队在Frontiers in Microbiology期刊上在线发表了题为“Pipeline for Targeted Meta-Proteomic Analyses to Assess the Diversity of Cattle Rumen Microbia
- 「青莲聚焦」蛋白相互作用研究神器——STRING
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因。String数据库(https://string-db.org/)是目前数据量丰富、应用广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。目前,String数据库已更新到Version 11.5版本。收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用,也包括间接的功能相关性。通过STRING数据库,我们可以很方便地检索已知蛋白间的互作关系,有助于更好地理解
- 「青莲聚焦」肺癌研究中利用蛋白组学布局5-10分文章
肺癌是常见的癌症类型之一,绝大部分病例确认诊断时已发生转移,无法进行手术切除,导致五年生存期不足20%,而IV期病人五年存活率仅有6%。因其高发病率和高致死率,肺癌已经成为了人类生命健康的重要威胁。靶向治疗和免疫治疗的快速发展带来了新的方法,但目前仍受制于有限的生物标志物和治疗组合方式。基于高通量测序技术的发展,人们对肺癌有了更多的认识,揭示了很多与肺癌密切相关的基因突变。然而,越来越多的证据显示,肿瘤的发生发展并不是简单的基因突变的集合。肿瘤组织出现异常
- 「青莲聚焦」蛋白组学助力布局肺癌研究20-50分文章
近年来,肺癌的发病率呈现逐年上升的趋势,至2020年,我国肺癌新发病例数已达81.6万例,高居众癌之首。根据肺癌细胞在显微镜下的形态特点,肺癌可初步分为小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC)两大类,其中NSCLC约占85%,SCLC约占15%。总体而言,虽然SCLC与NSCLC同为肺癌,仅有一字之差,但SCLC的病因、发病部位、肿瘤特点、症状、治疗方式以及预后都与NSCLC有一定差异。蛋白质基因组的兴起为疾病分型提供了一个新的思路,同时也可利用
- 「青莲聚焦」“毒药变抗癌药”—蛋白组学揭示雷公藤甲素抗结直肠癌作用新机制
雷公藤又名断肠草,是一个有着悠久、广泛应用历史的中药。在古代雷公藤是一味以毒攻毒的良药,而现在雷公藤也有着“埋在地里的抗癌药”之称。雷公藤甲素是雷公藤的主要活性成分之一。是一个具有多种生物活性的天然产物,来源于中药雷公藤的根,研究表明它具有抗氧化,抗类风湿,抗老年性痴呆症、抗癌等功效。为了阐明雷公藤甲素如何抗结直肠癌(CRC),科研人员利用TMT定量蛋白质组学技术分析了经雷公藤甲素处理48 h后的CRC细胞系HCT116的蛋白质组和磷酸化蛋白质组。该成果于
- 「青莲聚焦」快来围观啦!磷酸化修饰蛋白组学分析模块全面升级!
磷酸化修饰是目前普遍的修饰类型之一,磷酸化的过程就是在激酶的催化作用下,将ATP的磷酸根基团,转移到蛋白的氨基酸侧链上,ATP随之变为ADP。对于大部分蛋白质来说,磷酸化修饰是一种可逆的短暂性修饰。据估计,真核生物中有将近1/3的蛋白,能够在任何时候被磷酸化。磷酸化修饰几乎调节着包括细胞的增殖、发育、分化、细胞骨架调控、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩、新陈代谢及肿瘤发生等生命活动的所有过程。同时,在植物领域磷酸化蛋白的研究,进一步为植物的发育与逆境应答、植物
- 「青莲聚焦」自动微创机器人推动空间蛋白组学临床应用
图4:来自冠状动脉动脉粥样硬化斑块的人类心脏清除、成像和蛋白质组学结论本文介绍了全新的空间无偏蛋白质组学技术(DISCO-MS) ,该技术包括完整器官和生物体的3D成像数据,能够无偏识别和自动提取感兴趣的组织区域,并包括后续的分子表征。研究团队探索性的将该方法应用于早期AD疾病模型小鼠的全脑组织及动脉粥样硬化斑块的人类心脏组织,绘制了相应组织的三维立体空间分子图谱,揭示了组织与疾病的异质性,这对于疾病的认知与局部靶向治疗至关重要。
- 青莲时讯 | 第八届全国植物蛋白质研究大会,青莲百奥植物蛋白组学新产品备受关注!
夏末初秋,蝉蜕不啾,暑末的燥热却依然抵挡不了植物蛋白领域探索人的热情。2023年7月28日至31日,由中国植物学会指导,贵州大学和中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会联合主办,贵州大学生命科学学院等单位承办的“第八届中国植物蛋白质研究大会暨首届贵阳生命科学新高地科学家论坛”在林城贵阳圆满落幕。此次会议国内外植物蛋白领域的专家、学者云集,围绕着“后基因组生命科学新高地时代的植物蛋白质研究”的主题,将各自的研究成果、新技术、新方法进行分享。青莲百奥作