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大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。m6A是RNA上最丰富的一种修饰,平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术:m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq)m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq)m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq)高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序(MeRIP-seq2)研究方向:m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究疾病发生发展:肿瘤、代谢疾病(如肥胖/糖尿病)、神经和精神疾病(如阿尔兹海默症/抑郁症)、炎症…发育和分化:早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老环境暴露与响应:污染、抗逆、生活方式技术优势:起始量低:样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需1μg总RNA;转录组范围内:可以同时检测mRNA和lncRNA;样本要求:可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测;重复性高:IP富集重复性高,最大化降低抗体富集偏差应用范围广:广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。技术路线:实验策略:图:微量MeRIP-seq实验流程分析内容:送样要求:技术选择:经典案例:项目文章纵向转录组分析揭示了m6A甲基化修饰在猪胚胎期骨骼肌发育中的重要作用Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.背景m6A是最丰富的一类mRNA修饰,可以促进骨骼肌的发育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的状态和功能仍不清楚。方法研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。结论MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq证实了胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)靶向与骨骼肌发育相关通路的76个基因,包括关键肌肉发育标记基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介导的 IGF2BP1沉默可抑制成肌细胞分化,促进其增殖,类似于METTL14 沉默所观察到的表观遗传变化。本研究不仅阐明了肌肉发育中m6A甲基化的动力学,且确定了参与猪胚胎期骨骼肌发育基因表达的关键基因。图:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的纵向转录组和表观转录组表征参考文献:Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。
m6A是RNA上最丰富的一种修饰,平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。
易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术:
m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq)
m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq)
m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq)
高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序(MeRIP-seq2)
研究方向:
m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究
疾病发生发展:肿瘤、代谢疾病(如肥胖/糖尿病)、神经和精神疾病(如阿尔兹海默症/抑郁症)、炎症…
发育和分化:早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老
环境暴露与响应:污染、抗逆、生活方式
技术优势:
起始量低:样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需1μg总RNA;
转录组范围内:可以同时检测mRNA和lncRNA;
样本要求:可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测;
重复性高:IP富集重复性高,最大化降低抗体富集偏差
应用范围广:广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。
技术路线:
实验策略:
图:微量MeRIP-seq实验流程
分析内容:
送样要求:
技术选择:
经典案例:
项目文章
纵向转录组分析揭示了m6A甲基化修饰在猪胚胎期骨骼肌发育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是最丰富的一类mRNA修饰,可以促进骨骼肌的发育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的状态和功能仍不清楚。
方法
研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。
结论
MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq证实了胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)靶向与骨骼肌发育相关通路的76个基因,包括关键肌肉发育标记基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介导的 IGF2BP1沉默可抑制成肌细胞分化,促进其增殖,类似于METTL14 沉默所观察到的表观遗传变化。本研究不仅阐明了肌肉发育中m6A甲基化的动力学,且确定了参与猪胚胎期骨骼肌发育基因表达的关键基因。
图:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的纵向转录组和表观转录组表征
参考文献:
m6A甲基化-常规mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP),m6A 微量/常规RNA甲基化测序
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关于m6A甲基化研究思路(1)整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析(2)筛选具体差异m6A peak和基因:差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示(3)m6
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。此前,我们分享了m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路(点击查看详情),进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。m6A RNA甲基化修饰目标基因的进一步验证或后期试验包括以下6个方面:简单验证全局m6A甲基化干扰实验(非靶向),验证m6A甲基化书否真的影响目标基因表达和细胞功能靶向目标基因的甲基化/去甲基化
易基因m6A RNA甲基化测序(MeRIP-seq)研究快速出成果,自送样到见刊仅90天 近日,福建医科大学朱安团队利用m6A甲基化测序及对应的转录组分析研究胡蔓藤碱乙(Humantenine)对人结肠癌细胞HCT116的 mRNA m6A修饰及表达的影响。研究成果以“Effect of Humantenine on mRNA m6A Modification and Expression in Human Colon Cancer Cell L
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