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总体来说,DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先,进行整体全基因组甲基化变化的分析,包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次,进行甲基化差异水平分析,筛选具体差异基因,包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。最后,将甲基化组学&转录组学关联分析,包括Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、网
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