瑞金特生物 STR SSR分析微卫星分析 ssr多态性分析片段分析

型号	品牌	PIPES指数
代谢组+基因组联合分析	迈维代谢	7.9
总RNA核酸提取实验外包技术服务价格	徕创生物	5.0
		5.0

仪器描述

微卫星分析

服务编号

服务项目

内容说明

价格

周期

STR01

STR引物开发

开发未知基因组序列物种的引物

询价

周

STR02

STR引物筛选

筛选适合荧光检测的引物

询价

2-4周

STR03

引物设计与合成

荧光标记引物

询价

1周

STR04

PCR条件优化

单重和多重PCR

询价

1-2周

STR05

PCR扩增

荧光或非荧光

询价

1-4周

STR06

测序仪检测

用测序仪对单色或多色荧光标记DNA片段进行分离和检测

询价

2-7工作日

STR07

原始数据分析

将原始数据分析为基因型

询价

1工作日- 2周

STR08

群体遗传学分析

关联分析、连锁图构建等

询价

1-2周

STR09

AFLP检测

检测和数据分析

询价

2-5工作日

背景介绍：

微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。瑞金特利用ABI测序仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。

服务项目：

1. STR引物开发

通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。

2. 引物筛选

选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息（图1）。

图1 用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果

3. 样本批量扩增

用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR扩增平台，可以满足大量样本扩增需求。

4. 测序仪检测

带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件，见图2）。

图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱

5. 原始数据分析

编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。

图3 GeneMapper软件分析后的电泳图谱

6. 群体遗传学分析

利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

送样要求：

细胞（≥106）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（体积≥20μl，浓度≥ 50 ng/μl）；引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

提供结果：

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

成功案例：

到目前为止，我公司与上百家科研机构建立合作，进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。

客服中心

微卫星分析 ssr多态性分析片段分析(瑞金特生物)

客服中心

微卫星分析 ssr多态性分析 片段分析(瑞金特生物)

微卫星分析 ssr多态性分析片段分析(瑞金特生物)