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染色质免疫共沉淀(ChIP)
染色质免疫共沉淀(ChIP)是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP Sequencing ),可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,同时也为研究的深入开展打下基础。 采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。技术优势:
检测范围广:全基因组范围的免疫沉淀与测序分析;
高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
微量样本:只需10 ng以上免疫沉淀后的DNA,即可进行测序分析。
研究内容:一、标准信息分析 1) 去接头污染,去低质量reads和产量情况统计;2) ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对;3) ChIP 测序Reads 在全基因组的分布;4) 统计ChIP测序数据富集区域( Peak ) 的信息;5) Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析;6) 多个样品的差异分析;7) UCSC Genome Browser使用说明;二、高级信息分析 不同表达水平的基因在TSS附近区域的reads 富集程度。三、定制化信息分析可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
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