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Hi-SNP中高通量基因分型
基本原理 Hi-SNP结合多重PCR技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重PCR扩增,不同的样本以不同的Barcode引物区分。混合样本后,在Ion Proton/Ion Torrent平台上,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,区分不同的样本,最终获得每个位点的SNP信息。高通量测序能一次对几百万条DNA分子进行序列测定,相比其他的SNP检测技术,基于高通量测序的SNP分型具有更准确、更灵敏的特点。 应用领域 本方法适用于很多的遗传学研究领域,例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、疾病与基因的关联研究、临床分子诊断研究等,在植物基因组研究中,可用于QTL定位及分子育种,非常适合大规模样品的SNP分析。 服务流程 1、确认实验信息,评估实验可行性2、样本质控,设计合成引物探针3、小试、中试,建立实验方案4、PCR生产,构建高通量测序文库5、上机测序6、生物信息学分析,出具实验报告 提供结果 1、实验报告,包括实验材料、方法、引物等等2、结果汇总,即基因分型结果(excel形式)3、统计分析(可选) 样本要求 1、若分型样品为基因组DNA,要求:DNA浓度≥20ng/ul,体积>20ul。纯度OD 260/OD280 在1.8~2.0之间。2、若分型样品为血样,样本要求:血液样品,体积大于500ul,需用抗凝剂抗凝,送样过程中请注意保持低温,防止DNA降解。提取DNA将收取DNA提取费。3、寄送样品时,应在送样包裹中放置足量的冰袋或干冰,以减少在运输过程中因温度变化导致DNA降解的可能。4、提供SNP位点信息,人类基因组需SNP位点的rs号;其它物种如牛、鸡、鱼等无rs号的,需SNP位点上下游各250bp的确切序列,SNP位点的突变类型,以及位点的上下游25bp内是否存在其它位点。 服务优势 1、 Hi-SNP单次实验可以得到数百万条序列,能够同时对上千个样本数百个位点进行检测,具有高通量、高灵敏的特点2、 实验严谨,分区操作,加石蜡油防止气溶胶污染,各个环节保证实验准确性3、 可以配合LDR技术,方案灵活,性价比高
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