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宏基因组测序
宏基因组测序是对特定环境样品中的微生物群体基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物),进行序列测定和功能基因的发掘,来分微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,发觉和研究新的、具有特定功能的基因。目前宏基因组学研究在发现新基因 ,开发新的微生物活性物质,研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用,宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。一、实验流程1. 样品提取总DNA。2. 基因组片段化、加测序接头。3. 琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段。4. 完成测序文库的制备,用Illumina Hiseq2500进行测序。 二、数据分析 1、测序质量评估 2、宿主基因组比对与覆盖度read统计 3、De novo基因组组装拼接 4、De novo组装拼接性能评估 5、Unigene预测 6 、Unigene功能注释 7、微生物种群鉴别分析 8、微生物种群进化分析 9、微生物种群差异分析10、 微生物种群结构分析
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