简介
绝对定量转录组测序在文库扩增之前为每一条逆转录的cDNA片段加上唯一的身份标签(Unique Identifier,UMI或UID),也称为数字标签。数字标签会伴随片段扩增、测序、分析的全过程。同一个片段经过PCR扩增出来的产物均带有相同的数字标签,测序完成后利用UMI追溯每一个片段的来源,将相同来源的片段(具有相同的序列和UMI)进行合并,就能准确去除PCR扩增重复,一比一准确还原样本扩增前的原始状态。在此过程中,PCR扩增和测序错误同样可以被纠正:扩增和测序的错误会使得相同UMI标签对应多个不同的序列,那么只需比较这些序列的相似性,即可纠正这些错误。
绝对定量转录组利用UMI技术排除PCR扩增偏好和错误影响,可对表达量作准确的定量分析,与qPCR检测结果高度一致。绝对定量转录组测序为您带来全新的体验。
康测技术优势
建库起始量从1ug降低到100ng,更适合稀少珍贵的样本。
准确筛选差异表达基因,既不错选也不漏掉。
避免低丰度转录本丢失,构建可靠的共表达网络。
准确检测寄生菌或内生菌的转录表达情况。对于难以分离的寄生菌,测序数据中有大量的宿主基因的转录本,通常需加大测序深度才能检测到寄生菌的转录本,而加大测序深度无疑又增加错误的几率、导致准确度下降。UID技术可去重并纠错,排除加大测序深度造成的影响,并对寄生菌的转录组准确定量。
在分析cSNP位点时,由于UID技术具有纠错功能,可排除假阳性位点,准确锁定真实的cSNP位点。
UID技术的纠错功能同样帮助确定可变剪接位点、RNA编辑,有助于可变剪接、RNA编辑的准确分析。
建库方法 技术流程
KC-DigitalRNA测序结果通过qPCR验证 建库起始量仅需100ng
提高clean data中unique reads的比例 良好的样本重复性
低丰度转录本的检测
某菌(植物的寄生菌,无法与植物组织分离)的转录组测序,将植物、某菌的参考基因组进行混合,然后比对,继而提取仅比对到该菌参考基因组上的reads,占比2.53%,大部分read(比对到植物参考基因组)未比对到该菌参考基因组。
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武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶级期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。
公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。
作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者,公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等)、植物(水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌等)近50余种物种的CHIP-seq和RIP-seq,其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。
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绝对定量转录组测序(DigitalRNA-seq)信息由武汉康测科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于绝对定量转录组测序(DigitalRNA-seq)报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。