miRNA主要通过诱导靶mRNA的降解来发挥其调控作用。降解组测序可以高通量地检测由miRNA介导的剪切降解的mRNA片段,结合生物信息学分析,可以准确地鉴定miRNA靶基因,揭示miRNA-靶mRNA的复杂调控网络,促进miRNA的功能研究。云序生物提供降解组测序、miRNA测序、miRNA-qPCR、miRNA mimics和miRNA inhibitors等整套miRNA研究工具,为miRNA功能研究提供系统性解决方案。
技术优势:
通量高:可以平行鉴定数千条miRNA靶基因剪切产物,效率远远胜过传统的5’RACE方法
准确性高:结合生物信息学分析,可以精确识别miRNA剪切位点,摆脱了仅利用生物信息学预测靶基因的低准确性和高假阳性
灵敏度高:可准确检测低丰度的miRNA靶基因降解产物
实时更新的miRNA数据库信息:利用实时更新的miRBase数据库进行靶基因的分析鉴定
数据分析
基本分析高级分析1. 原始数据整理,过滤和质量评估CS-DEG-001. mRNA降解片段鉴定2. 基因组匹配与数据统计CS-DEG-002. 统计mRNA降解位点信息3. 与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等ncRNA数据库比对CS-DEG-003. 鉴定与mRNA降解相关的miRNA4. 对降解片段进行分类注释CS-DEG-004. 降解mRNA的GO和通路网络分析5. 分析样品间的公共序列及特有序列CS-DEG-005. miRNA-降解mRNA GO网络分析6. 探索降解片段在选定的参考基因组上的分布CS-DEG-006. miRNA-降解mRNA 信号通路网络分析
数据展示
上图:Let-7b介导的降解片段
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