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简单序列重复(Simple Sequence Repeats),又名SSR是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。SSR分子标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。通过对样本基因组中SSR标记等DNA多态性的分析,可以得到样本DNA序列在遗传性状上的调控和差异,由于SSR标记在真核生物基因组中分布广,多态性丰富,具有很好的稳定性,通常为显性标记且符合孟德尔式遗传规律,信息量高等特点,因此被广泛应用于遗传图谱构建、目标基因标定,指纹图的绘制等研究中。
基于高通量测序技术,可针对全基因组范围进行SSR分子标记开发。
分析流程
分析示例
各类型SSR统计
SSR引物设计
ID
SSR nr.
SSR type
SSR
size
start
end
FORWARD PRIMER1 (5'-3')
TRINITY_DN41187_c0_g1
1
p2
(CA)14
28
218
245
CTCTGGCGTGTGCTTATTGC
TRINITY_DN41152_c0_g1
p1
(A)12
12
615
626
GCGGCTTCTCTAACACTGGA
TRINITY_DN41133_c0_g1
c
(AG)6g(A)14
27
330
356
TTCTGGAAGATTGCCAGGGG
……
Tm
REVERSE PRIMER1 (5'-3')
PRODUCT1 size (bp)
start (bp)
end (bp)
59.902
CTCAGGTTGATGAGCCACGT
60.037
275
88
362
59.753
TCTGTGTGTGCATGTTGACA
57.964
238
484
721
59.667
AGTGATGATTGGCAGTTTGGC
59.453
232
180
411
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