5、转录因子预测分析 利用相关的转录因子(TF)数据库,将差异基因的启动子(基因第一个外显子上游1000bp)提取出来。我们使用HsPD 提供的启动子序列。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public。转录因子结合位点预测使用pwmatch 程序,对每个转录因子分析其在上调基因和下调基因的分布情况,利用chi-square test 寻找有差异的转录因子。
【发表论文】
第二军医大学
Jian-Guang Wang, Wei-Dong Xu,et al., Disorders in angiogenesis and redox pathways are main factors contributing to the progression of rheumatoid arthritis: a comparative proteomic study, Arthritis & Rheumatism. IF=8.435.