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离子组学是一门研究机体内元素组成、分布与累积以及这些元素随机体生理状况、生物与非生物刺激、发育阶段、环境和遗传等因素的变化及其机制的新兴学科,其研究对象包括所有的金属、类金属和非金属。离子元素广泛地参与各项重要的生命活动,行使着重要的生理功能。研究流程:帕诺米克优势:帕诺米克/BioNovoGene拥有高通量的ICP-MS和ICP-OES元素分析平台,ICP-OES主要应用于常量元素和部分微量元素的分析,而ICP-MS主要用于微量及痕量元素分析,往往二者结合应用于离子组学研究。帕诺米克还能提供相关高级生物信息分析,比如代谢组-离子组-基因组等多组学关联分析等。样本要求:植物组织 ≥ 0.25g血清、血浆 ≥ 0.25 mL尿液 ≥ 2 mL动物组织 ≥ 0.25g粪便 ≥ 0.25g样本的保存:液氮 或 -80℃保存样品运输:干冰运输案例分享:全基因组关联研究揭示了水稻表型变异的遗传基础发表时间:2018年期刊:Plant Cell影响因子:8.631 该研究团队利用529份水稻材料,在湖北、湖南等地进行多年多点的田间试验;测定了秸秆和籽粒中17种矿质元素的含量,并结合水稻全基因组单碱基序列多态性信息进行了关联分析,解析了水稻离子组自然变异的遗传基础;其中32个位点在不同试验地点被重复检测到,40个位点在同一试验点的不同田间试验中被重复检测到;预测了42个位点的候选基因,并对其中3个位点的候选基因进行了功能验证,包括OsHKT1;5、OsMOT1;1和Ghd7等。该研究为稻米营养品质的遗传改良提供了可用的遗传位点及一定的理论基础。 图1 基于栽培水稻自然种群的聚类分析 图2 12种元素的重复性及重要的曼哈顿和Q-Q图参考文献:Meng Yang et al., Genome-Wide Association Studies Reveal the Genetic Basis of Ionomic Variation in Rice. Plant Cell. 2018 Nov;30(11):2720-2740.
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